zum Inhalt

 

Ullah,  Mukhtar

Stochastic Modelling of Subcellular Biochemical Systems

Rostock : Universität , 2009

https://doi.org/10.18453/rosdok_id00000511

http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00000511

Abstract:

Stochastic approaches are needed for modelling many cellular processes to capture noise effects. The difficulty of solving the chemical master equation, the most common formulation of stochastic models, is circumvented by stochastic simulations and analytical approximations. The central theme here is one such approximation, the two-moment approximation (2MA) which represents the mean-covariance coupling. Our 2MA formulation allows non-elementary reactions and relative concentrations. The approach is applied to the fission yeast cell cycle model. The analytical model reproduces the relevant experimental data.

Dissertation Open Access


Einrichtung :
Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät
Gutachter :
Wolkenhauer,  Olaf  (Prof.)
Herzel,  Hanspeter  (Prof.)
Liebscher,  Volkmar  (Prof.)
Jahr der Abgabe:
2009
Jahr der Verteidigung:
2009
Sprache(n) :
Englisch
übersetzte Zusammenfassung :
Die Modellierung zellulärer Prozesse erfordert oft die Anwendung von stochastischen Methoden. Das Problem, die master equation für biochemische Systeme zu lösen kann auf zweierlei Weise umgangen werden. Entweder durch stochastische Simulationen oder durch analytische Approximation. Das Herzstück hier ist die Entwicklung einer solchen Approximation, der zwei-Momenten Approximation, welcher die Verknüpfung von Mittelwert und Kovarianz repräsentiert und es erlaubt Modelle mit nicht elementaren Reaktionen sowie relativen Konzentrationen zu analysieren. Dieser neue Ansatz , angewandt auf ein anerkanntes Modell des Zellzyklus in der Bäckerhefe, reproduziert vorhandene experimentell Daten.
Schlagworte:
stochastic modelling, Markov process, cell cycle, mean, covariance, Stochastisches Modell, Markovkette, Zellzyklus, Mittelwert, Kovarianz
DDC Klassifikation :
510 Mathematik
570 Biowissenschaften, Biologie
URN :
urn:nbn:de:gbv:28-diss2009-0128-8
Persistente URL:
http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00000511
erstellt am:
2009-07-15
zuletzt geändert am:
2018-06-30
Volltext