???Webpage.gotoContents???

Detailansicht

Matthias Jeschke

Efficient non-spatial and spatial simulation of biochemical reaction networks

Dissertation, Rostock, 2010
The dissertation is focused on algorithms for performing non-spatial and spatial stochastic simulations of reaction networks and on the exploration of improved or alternative approaches. Central topics are the evaluation and a subsequent comparison of algorithm performance in terms of execution speed and accuracy, the extension of temporal leap methods to the spatial realm as well as the introduction of a variant for a parallel execution, and the realization of a multi-algorithm simulation which introduces inter-rules to forge a link between the synchronized execution of subsidiary algorithms.
URL: http://rosdok.uni-rostock.de/resolve/id/rosdok_disshab_0000000562

Dokumente:
Dissertation_Jeschke_2010.pdf (26,55 MB)

Einrichtung:
Fakultät für Informatik und Elektrotechnik
Gutachter:
Adelinde M. Uhrmacher (Prof. Dr. rer. nat. habil.)
Kevin Burrage (Prof.)
Koichi Takahashi (PhD)
Jahr der Abgabe:
2010
Jahr der Verteidigung:
2010

Übersetzte Zusammenfassung:
Die Dissertation beschäftigt sich mit Algorithmen für die (nicht)räumliche stochastische Simulation von Reaktionsnetzwerken sowie deren Verbesserung bzw. der Entwicklung neuer Ansätze. Zentrale Elemente sind die Evaluierung und der dadurch mögliche Vergleich von Algorithmen in Hinsicht auf deren Ausführungsgeschwindigkeit und Genauigkeit, die Erweiterung von Leap-Methoden für räumliche Modelle (inklusive einer parallelen Variante) und die Realisierung einer Multi-Algorithmen Simulation durch die Einführung von Inter-Regeln, welche eine Interaktion zwischen verschiedenen Algorithmen erlauben.
Schlagworte:
SSA
tau-leaping
multi-algorithm simulation
performance evaluation
parallel simulation
Multi-Algorithmen Simulation
Performanzevaluierung
parallele Simulation
DDC Klassifikation:
006 Spezielle Methoden der Informatik

URN:
urn:nbn:de:gbv:28-diss2010-0195-4

eingestellt am:
17. Dezember 2010
letzte Änderung:
06. Januar 2011