zum Inhalt

 

Jeschke,  Matthias

Efficient non-spatial and spatial simulation of biochemical reaction networks

Rostock : Universität , 2010

https://doi.org/10.18453/rosdok_id00000770

http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00000770

The dissertation is focused on algorithms for performing non-spatial and spatial stochastic simulations of reaction networks and on the exploration of improved or alternative approaches. Central topics are the evaluation and a subsequent comparison of algorithm performance in terms of execution speed and accuracy, the extension of temporal leap methods to the spatial realm as well as the introduction of a variant for a parallel execution, and the realization of a multi-algorithm simulation which introduces inter-rules to forge a link between the synchronized execution of subsidiary algorithms.

Dissertation Open Access


Einrichtung :
Fakultät für Informatik und Elektrotechnik
Gutachter :
Uhrmacher,  Adelinde M.  (Prof. Dr. rer. nat. habil.)
Burrage,  Kevin  (Prof.)
Takahashi,  Koichi  (PhD)
Jahr der Abgabe:
2010
Jahr der Verteidigung:
2010
Sprache(n) :
Englisch
übersetzte Zusammenfassung :
Die Dissertation beschäftigt sich mit Algorithmen für die (nicht)räumliche stochastische Simulation von Reaktionsnetzwerken sowie deren Verbesserung bzw. der Entwicklung neuer Ansätze. Zentrale Elemente sind die Evaluierung und der dadurch mögliche Vergleich von Algorithmen in Hinsicht auf deren Ausführungsgeschwindigkeit und Genauigkeit, die Erweiterung von Leap-Methoden für räumliche Modelle (inklusive einer parallelen Variante) und die Realisierung einer Multi-Algorithmen Simulation durch die Einführung von Inter-Regeln, welche eine Interaktion zwischen verschiedenen Algorithmen erlauben.
Schlagworte:
SSA, tau-leaping, multi-algorithm simulation, performance evaluation, parallel simulation, Multi-Algorithmen Simulation, Performanzevaluierung, parallele Simulation
DDC Klassifikation :
004 Informatik
URN :
urn:nbn:de:gbv:28-diss2010-0195-4
Persistente URL:
http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00000770
erstellt am:
2010-12-17
zuletzt geändert am:
2018-06-30
Volltext