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Waltemath,  Dagmar

Annotation-based storage and retrieval of models and simulation descriptions in computational biology

Rostock : Universität , 2011

https://doi.org/10.18453/rosdok_id00000903

http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00000903

This work aimed at enhancing reuse of computational biology models by identifying and formalizing relevant meta-information. One type of meta-information investigated in this thesis is experiment-related meta-information attached to a model, which is necessary to accurately recreate simulations. The main results are: a detailed concept for model annotation, a proposed format for the encoding of simulation experiment setups, a storage solution for standardized model representations and the development of a retrieval concept.

Dissertation Open Access


Einrichtung :
Fakultät für Informatik und Elektrotechnik
Gutachter :
Heuer,  Andreas  (Prof. Dr. rer. nat. habil.)
Le Novère,  Nicolas  (Dr.)
Leser,  Ulf  (Prof. Dr.)
Jahr der Abgabe:
2011
Jahr der Verteidigung:
2011
Sprache(n) :
Englisch
übersetzte Zusammenfassung :
Die vorliegende Arbeit widmete sich der besseren Wiederverwendung biologischer Simulationsmodelle. Ziele waren die Identifikation und Formalisierung relevanter Modell-Meta-Informationen, sowie die Entwicklung geeigneter Modellspeicherungs- und Modellretrieval-Konzepte. Wichtigste Ergebnisse der Arbeit sind ein detailliertes Modellannotationskonzept, ein Formatvorschlag für standardisierte Kodierung von Simulationsexperimenten in XML, eine Speicherlösung für Modellrepräsentationen sowie ein Retrieval-Konzept.
Schlagworte:
model management, model reuse, meta-information
DDC Klassifikation :
000 Allgemeines, Wissenschaft
URN :
urn:nbn:de:gbv:28-diss2011-0134-5
Persistente URL:
http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00000903
erstellt am:
2011-11-09
zuletzt geändert am:
2018-06-30
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