Analyzing gene expression data with linear mixed models : applications to variable pool sizes and biomarkers

Henrik Rudolf

doi:10.18453/rosdok_id00001749

Rudolf, Henrik

Analyzing gene expression data with linear mixed models : applications to variable pool sizes and biomarkers

Rostock : Universität , 2016

https://doi.org/10.18453/rosdok_id00001749

http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001749

Abstract:

This work is about the design and statistical analysis of gene expression experiments with variable pool sizes. Conditions for unbiased contrasts in such experiments were derived. They were analyzed with linear mixed models, introducing a new type of variance component that accounts for unequal shares of individual samples in common pools. The relevance of this blending error variance was then investigated for four experimental data sets from different species. Finally a biomarker search for hygienic behavior in Apis mellifera workers was conducted, using nerve tissue gene expression data.

Dissertation Open Access

Einrichtung :

Agrar- und Umweltwissenschaftliche Fakultät

Gutachter :

Schwerin, Manfred (Prof. Dr. rer. nat.)

Reinsch, Norbert (Prof. Dr. agr.)

Bienefeld, Kaspar (Prof. Dr. agr.)

Jahr der Abgabe:

2015

Jahr der Verteidigung:

2016

Sprache(n) :

Englisch

übersetzte Zusammenfassung :

Diese Arbeit behandelt Fragen der statistischen Planung und Auswertung von Genexpressionsexperimenten mit Mischproben (Pools) und variabler Zahl von individuellen Proben je Pool (Poolgröße). Eine Bedingung für die Verzerrungsfreiheit von Kontrasten im linearen Modell wurde abgeleitet. Die Relevanz der zur Auswertung mit gemischten linearen Modellen eingeführten Mischungsvarianz zeigte sich auch in experimentellen Daten. Eine Biomarkersuche für das individuelle Hygieneverhalten von Arbeiterinnen der Honigbiene leistet einen methodischen Beitrag zur Zucht von Varroa-resistenten Bienenvölkern.

Schlagworte:

pooled samples, blending error variance, hygienic behavior, experimental design, variance component, microarray

DDC Klassifikation :

630 Landwirtschaft, Veterinärmedizin

510 Mathematik

URN :

urn:nbn:de:gbv:28-diss2016-0062-1

Persistente URL:

http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001749

erstellt am:

2016-06-30

zuletzt geändert am: