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Bittig,  Arne T.

ML-Space  : hybrid spatial Gillespie and Brownian motion simulation at multiple levels, and a rule-based description language

Rostock : Universität , 2017

https://doi.org/10.18453/rosdok_id00001883

http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001883

Computer simulations of biological cells as well-stirred systems are well established but neglect the spatial distribution of key actors. In this thesis, a simulation algorithm "ML-Space" for spatial models with dynamic hierarchies is presented. It combines stochastic spatial algorithms in discretized space with individual particles moving in continuous space that have spatial extensions and can contain other particles. For formal descriptions of the systems to be simulated spatially, ML-Space provides a rule-based specification language.

Dissertation Open Access


Einrichtung :
Fakultät für Informatik und Elektrotechnik
Gutachter :
Uhrmacher,  Adelinde  (Prof. Dr. rer. nat. habil.)
Faeder,  James  (Associate Professor, PhD)
Koeppl,  Heinz  (Prof. Dr. techn.)
Jahr der Abgabe:
2016
Jahr der Verteidigung:
2017
Sprache(n) :
Englisch
übersetzte Zusammenfassung :
Computersimulationen mikrobiologischer Prozesse, bei denen eine homogene Verteilung der Akteure einer Zelle angenommen wird, sind gut etabliert. In dieser Arbeit wird ein räumlicher Simulationsalgorithmus "ML-Space" für Mehrebenenmodelle vorgestellt, der auch dynamische Hierarchien abdeckt. Er vereint stochastische räumliche Algorithmen in diskretisiertem Raum mit individuellen Partikeln mit kontinuierlichen Koordinaten, die andere Partikel enthalten können. Zur formalen Beschreibung der räumlich zu simulierenden Systeme bietet ML-Space eine regelbasierte Modellierungssprache.
Schlagworte:
systems biology, formal language, spatial simulation, Systembiologie, Formale Sprachen, räumliche Simulation
DDC Klassifikation :
000 Allgemeines, Wissenschaft
URN :
urn:nbn:de:gbv:28-diss2017-0047-4
Persistente URL:
http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001883
erstellt am:
2017-04-11
zuletzt geändert am:
2018-06-30
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