Customized workflow development and omics data integration concepts in systems medicine

Markus Wolfien

doi:10.18453/rosdok_id00002868

Wolfien, Markus

Customized workflow development and omics data integration concepts in systems medicine

Rostock : Universität , 2020

https://doi.org/10.18453/rosdok_id00002868

http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00002868

Abstract:

The ever-increasing amount and diversity of biological and medical data is a major challenge in computational analyses. Computational methods have to be combined into analysis workflows for seamless, swift, and transparent computation. In this work, numerous workflows were developed for the general processing of bulk RNA sequencing (RNA-Seq), single-cell sequencing experiments, and non-coding RNA identification. Mathematical concepts of machine learning and univariate meta-analyses were successfully implemented to independently investigate the role of cell therapies in cardiac regeneration.

Dissertation Open Access

Einrichtung :

Fakultät für Informatik und Elektrotechnik

Gutachter :

Wolkenhauer, Olaf

Ellinghaus, David

Simm, Stefan

Sprache(n) :

Englisch

übersetzte Zusammenfassung :

Die wachsende Menge und Vielfalt biologischer und medizinischer Daten ist eine große Herausforderung in Computeranalysen. Berechnungsmethoden müssen für eine schnelle und transparente Berechnung zu Workflows kombiniert werden. In dieser Arbeit wurden Workflows für die allgemeine Verarbeitung von RNA-Sequenzierung (RNA-Seq) sowie Einzelzell RNA-Seq und die nichtkodierende RNA-Identifizierung entwickelt. Mathematische Konzepte des maschinellen Lernens und univariate Metaanalysen wurden erfolgreich implementiert, um die Rolle von Zelltherapien bei der Herzregeneration zu untersuchen.

DDC Klassifikation :

004 Informatik

570 Biowissenschaften, Biologie

610 Medizin, Gesundheit

URN :

urn:nbn:de:gbv:28-rosdok_id00002868-5

Persistente URL:

http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00002868

erstellt am:

2020-12-21

zuletzt geändert am:

2020-12-21