mycoreobjectrosdok_disshab_0000000562rosdok_disshab_0000000562rosdokdisshabrosdok_derivate_00000044882023-08-08T10:02:15.896Z2010-12-17T07:19:09.379Zadministratorpublished1rosdok_derivate_0000004488truetruederivate_types:fulltextVolltextfulltextwf_edit_epub wf_register_epubstate:publishedstate:publishedveröffentlichtpublishedrosdok/id00000770642884994MODS updated during RosDok migration in June 2021DissertationHochschulschrift143182773MatthiasJeschke1980-VerfasserInautEfficient non-spatial and spatial simulation of biochemical reaction networksenProf. Dr. rer. nat. habil.Adelinde M.UhrmacherAkademischeR BetreuerIndgsProf.KevinBurrageAkademischeR BetreuerIndgsPhDKoichiTakahashiAkademischeR BetreuerIndgs10085032-7Universität RostockFakultät für Informatik und ElektrotechnikGrad-verleihende Institutiondgg10.18453/rosdok_id00000770http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00000770urn:nbn:de:gbv:28-diss2010-0195-4004 InformatikFakultät für Informatik und Elektrotechnikfrei zugänglich (Open Access)Lizenz Metadaten: CC0Nutzungsrechte erteiltalle Rechte vorbehaltenUniversität RostockRostock2010monographic20102010Universitätsbibliothek RostockRostock20102010The dissertation is focused on algorithms for performing non-spatial and spatial stochastic simulations of reaction networks and on the exploration of improved or alternative approaches. Central topics are the evaluation and a subsequent comparison of algorithm performance in terms of execution speed and accuracy, the extension of temporal leap methods to the spatial realm as well as the introduction of a variant for a parallel execution, and the realization of a multi-algorithm simulation which introduces inter-rules to forge a link between the synchronized execution of subsidiary algorithms.Die Dissertation beschäftigt sich mit Algorithmen für die (nicht)räumliche stochastische Simulation von Reaktionsnetzwerken sowie deren Verbesserung bzw. der Entwicklung neuer Ansätze. Zentrale Elemente sind die Evaluierung und der dadurch mögliche Vergleich von Algorithmen in Hinsicht auf deren Ausführungsgeschwindigkeit und Genauigkeit, die Erweiterung von Leap-Methoden für räumliche Modelle (inklusive einer parallelen Variante) und die Realisierung einer Multi-Algorithmen Simulation durch die Einführung von Inter-Regeln, welche eine Interaktion zwischen verschiedenen Algorithmen erlauben.SSAtau-leapingmulti-algorithm simulationperformance evaluationparallel simulationMulti-Algorithmen SimulationPerformanzevaluierungparallele SimulationUniversitätsbibliothek Rostockhttp://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00000770doctype:epubdoctype:epubDokumenttypDocument typedoctype:epub.dissertationdoctype:epub.dissertationDissertationdoctoral thesisdiniPublType:doctoralThesis diniPublType2022:PhDThesis XMetaDissPlusThesisLevel:thesis.doctoralinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisdocumentnatureOfContent:ppn_105825778natureOfContent:ppn_105825778HochschulschriftdiniPublType2022:DoctoralThesisdiniPublType2022:DoctoralThesisDissertation oder HabilitationDoctoral thesisDRIVERdiniPublType2022:PhDThesisdiniPublType2022:PhDThesisDissertationPhD thesisKDSF (Pu34)XMetaDissPlusThesisLevel:thesis.doctoralXMetaDissPlusThesisLevel:thesis.doctoralDoktorarbeitdoctoral thesisrfc5646:enrfc5646:enEnglischEnglishengengSDNB:004SDNB:004004 Informatik004 Data processing Computer sciencesinstitution:unirostockinstitution:unirostockUniversität RostockUniversity of RostockUniversität RostockUniversität RostockUni.Rostockhttp://d-nb.info/gnd/38329-6institution:unirostock.iefinstitution:unirostock.iefFakultät für Informatik und ElektrotechnikFaculty of Computer Science and Electrical EngineeringUniversität Rostock. Fakultät für Informatik und ElektrotechnikFakultät für Informatik<br />und ElektrotechnikUni.Rostock.Fakultaet.IEFhttp://d-nb.info/gnd/10085032-7accesscondition:openaccessaccesscondition:openaccessfrei zugänglich (Open Access)open accesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2OAfreeinfo:eu-repo/semantics/openAccess[DE-28]Open Access$gControlled Vocabulary for Access Rights$uhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2licenseinfo:metadatalicenseinfo:metadataLizenzen für Metadatenlicenseinfo:metadata.cc0licenseinfo:metadata.cc0Lizenz Metadaten: CC0license metadata: CC0/creativecommons/p/zero/1.0/88x31.pnghttps://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/licenseinfo:depositlicenseinfo:depositVeröffentlichungsgenehmigungpermission to storelicenseinfo:deposit.rightsgrantedlicenseinfo:deposit.rightsgrantedNutzungsrechte erteiltrights grantedlicenseinfo:worklicenseinfo:workWerkworklicenseinfo:work.rightsreservedlicenseinfo:work.rightsreservedalle Rechte vorbehaltenall rights reserved/creativecommons/r/reserved/0.9/88x31.png[DE-28]Urheberrechtsschutz 1.0$gRights Statements$uhttp://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/http://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/http://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/Efficient non-spatial and spatial simulation of biochemical reaction networksEfficient non-spatial and spatial simulation of biochemical reaction networksgnd:143182773gnd:10085032-7gnd:143182773gnd:10085032-7rosdok_disshab_0000000562-d496866e39gnd:143182773Matthias JeschkeMatthias Jeschkerosdok_disshab_0000000562-d496866e60Prof. Dr. rer. nat. habil. Adelinde M. UhrmacherProf. Dr. rer. nat. habil. Adelinde M. Uhrmacherrosdok_disshab_0000000562-d496866e72Prof. Kevin BurrageProf. Kevin Burragerosdok_disshab_0000000562-d496866e84PhD Koichi TakahashiPhD Koichi Takahashirosdok_disshab_0000000562-d496866e97gnd:10085032-7Universität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikUniversität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikMatthias JeschkeProf. Dr. rer. nat. habil. Adelinde M. UhrmacherProf. Kevin BurragePhD Koichi TakahashiUniversität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikMatthias JeschkeProf. Dr. rer. nat. habil. Adelinde M. UhrmacherProf. Kevin BurragePhD Koichi TakahashiUniversität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikMatthias JeschkeRostockUniversität Rostockepub.dissertation10.18453/rosdok_id00000770http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00000770urn:nbn:de:gbv:28-diss2010-0195-4SSAtau-leapingmulti-algorithm simulationperformance evaluationparallel simulationMulti-Algorithmen SimulationPerformanzevaluierungparallele SimulationThe dissertation is focused on algorithms for performing non-spatial and spatial stochastic simulations of reaction networks and on the exploration of improved or alternative approaches. Central topics are the evaluation and a subsequent comparison of algorithm performance in terms of execution speed and accuracy, the extension of temporal leap methods to the spatial realm as well as the introduction of a variant for a parallel execution, and the realization of a multi-algorithm simulation which introduces inter-rules to forge a link between the synchronized execution of subsidiary algorithms.Die Dissertation beschäftigt sich mit Algorithmen für die (nicht)räumliche stochastische Simulation von Reaktionsnetzwerken sowie deren Verbesserung bzw. der Entwicklung neuer Ansätze. Zentrale Elemente sind die Evaluierung und der dadurch mögliche Vergleich von Algorithmen in Hinsicht auf deren Ausführungsgeschwindigkeit und Genauigkeit, die Erweiterung von Leap-Methoden für räumliche Modelle (inklusive einer parallelen Variante) und die Realisierung einer Multi-Algorithmen Simulation durch die Einführung von Inter-Regeln, welche eine Interaktion zwischen verschiedenen Algorithmen erlauben.20102010epub.dissertation1 Dissertation_Jeschke_2010.pdf 27840023 f47093714f2dee9fe2873bb0d64c6ad9 rosdok/id00000770642884994MODS updated during RosDok migration in June 2021DissertationHochschulschrift143182773MatthiasJeschke1980-VerfasserInautEfficient non-spatial and spatial simulation of biochemical reaction networksenProf. Dr. rer. nat. habil.Adelinde M.UhrmacherAkademischeR BetreuerIndgsProf.KevinBurrageAkademischeR BetreuerIndgsPhDKoichiTakahashiAkademischeR BetreuerIndgs10085032-7Universität RostockFakultät für Informatik und ElektrotechnikGrad-verleihende Institutiondgg10.18453/rosdok_id00000770http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00000770urn:nbn:de:gbv:28-diss2010-0195-4004 InformatikFakultät für Informatik und Elektrotechnikfrei zugänglich (Open Access)Lizenz Metadaten: CC0Nutzungsrechte erteiltalle Rechte vorbehaltenUniversität RostockRostock2010monographic20102010Universitätsbibliothek RostockRostock20102010The dissertation is focused on algorithms for performing non-spatial and spatial stochastic simulations of reaction networks and on the exploration of improved or alternative approaches. Central topics are the evaluation and a subsequent comparison of algorithm performance in terms of execution speed and accuracy, the extension of temporal leap methods to the spatial realm as well as the introduction of a variant for a parallel execution, and the realization of a multi-algorithm simulation which introduces inter-rules to forge a link between the synchronized execution of subsidiary algorithms.Die Dissertation beschäftigt sich mit Algorithmen für die (nicht)räumliche stochastische Simulation von Reaktionsnetzwerken sowie deren Verbesserung bzw. der Entwicklung neuer Ansätze. Zentrale Elemente sind die Evaluierung und der dadurch mögliche Vergleich von Algorithmen in Hinsicht auf deren Ausführungsgeschwindigkeit und Genauigkeit, die Erweiterung von Leap-Methoden für räumliche Modelle (inklusive einer parallelen Variante) und die Realisierung einer Multi-Algorithmen Simulation durch die Einführung von Inter-Regeln, welche eine Interaktion zwischen verschiedenen Algorithmen erlauben.SSAtau-leapingmulti-algorithm simulationperformance evaluationparallel simulationMulti-Algorithmen SimulationPerformanzevaluierungparallele SimulationUniversitätsbibliothek Rostockhttp://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00000770 2010-12-17T07:19:09.379Z 2023-08-08T10:02:15.896Z 2023-08-18T10:02:15.901Z {"identifier":"rosdok/id00000770","type":"local_id","additional":"","service":"MCRLocalID","created":"2018-06-30T12:48:40.867Z"} {"identifier":"http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00000770","type":"purl","additional":"","service":"RosDokPURL","created":"2018-06-30T12:48:40.981Z","registered":"2018-06-30T12:48:40.981Z"} {"identifier":"10.18453/rosdok_id00000770","type":"doi","additional":"","service":"RosDokDOI","created":"2018-06-30T12:48:42.385Z","registered":"2018-06-30T12:48:42.385Z"} {"identifier":"urn:nbn:de:gbv:28-diss2010-0195-4","type":"dnbUrn","additional":"","service":"RosDokURN","created":"2018-06-30T12:48:40.871Z","registered":"2011-01-07T03:26:35.373Z"} administratorfulltextfile/rosdok_disshab_0000000562/rosdok_derivate_0000004488/Dissertation_Jeschke_2010.pdfEfficient non-spatial and spatial simulation of biochemical reaction networksEfficient non-spatial and spatial simulation of biochemical reaction networksgnd:143182773gnd:10085032-7gnd:143182773gnd:10085032-7rosdok_disshab_0000000562-d496866e39gnd:143182773Matthias JeschkeMatthias Jeschkerosdok_disshab_0000000562-d496866e60Prof. Dr. rer. nat. habil. Adelinde M. UhrmacherProf. Dr. rer. nat. habil. Adelinde M. Uhrmacherrosdok_disshab_0000000562-d496866e72Prof. Kevin BurrageProf. Kevin Burragerosdok_disshab_0000000562-d496866e84PhD Koichi TakahashiPhD Koichi Takahashirosdok_disshab_0000000562-d496866e97gnd:10085032-7Universität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikUniversität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikMatthias JeschkeProf. Dr. rer. nat. habil. Adelinde M. UhrmacherProf. Kevin BurragePhD Koichi TakahashiUniversität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikMatthias JeschkeProf. Dr. rer. nat. habil. Adelinde M. UhrmacherProf. Kevin BurragePhD Koichi TakahashiUniversität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikMatthias JeschkeRostockUniversität Rostockepub.dissertation10.18453/rosdok_id00000770http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00000770urn:nbn:de:gbv:28-diss2010-0195-4SSAtau-leapingmulti-algorithm simulationperformance evaluationparallel simulationMulti-Algorithmen SimulationPerformanzevaluierungparallele SimulationThe dissertation is focused on algorithms for performing non-spatial and spatial stochastic simulations of reaction networks and on the exploration of improved or alternative approaches. 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