mycoreobjectrosdok_disshab_0000001265rosdok_disshab_0000001265rosdokdisshabrosdok_derivate_00000219082023-08-08T10:05:27.883Z2014-11-28T14:16:33.969ZadministratoreditorDpublished1rosdok_derivate_0000021908truetruederivate_types:fulltextVolltextfulltextwf_edit_epub wf_register_epubstate:publishedstate:publishedveröffentlichtpublishedrosdok/id00001444812372174MODS updated during RosDok migration in June 2021DissertationHochschulschrift1062825780YangDu1983-VerfasserInautFunctional characterization and annotation of trait-associated genomic regions by transcriptome analysisen137244754Prof. Dr.-ing.ThomasKirsteUniversität Rostock, Fakultät für Informatik und ElektrotechnikAkademischeR BetreuerIndgsProf. Dr. rer. nat.WimmersKlausLeibniz-Institut für Nutztierbiologie, GenombiologieAkademischeR BetreuerIndgsProf. Dr. rer. nat.FüllenGeorgUniversitätsmedizin Rostock, Institut für Biostatistik und Informatik in Medizin und AlternsforschungAkademischeR BetreuerIndgs128916303Prof. Dr.MarioStankeUniversität Greifswald, Institut für Mathematik und InformatikAkademischeR BetreuerIndgs10085032-7Universität RostockFakultät für Informatik und ElektrotechnikGrad-verleihende Institutiondgg10.18453/rosdok_id00001444http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001444urn:nbn:de:gbv:28-diss2014-0196-0000 Allgemeines, Wissenschaft570 Biowissenschaften, BiologieFakultät für Informatik und Elektrotechnikfrei zugänglich (Open Access)Lizenz Metadaten: CC0Nutzungsrechte erteiltalle Rechte vorbehaltenUniversität RostockRostock2014monographic20142014Universitätsbibliothek RostockRostock20142014In this work, two novel implementations have been presented, which could assist in the design and data analysis of high-throughput genomic experiments. An efficient and flexible tiling probe selection pipeline utilizing the penalized uniqueness score has been implemented, which could be employed in the design of various types and scales of genome tiling task. A novel hidden semi-Markov model (HSMM) implementation is made available within the Bioconductor project, which provides a unified interface for segmenting genomic data in a wide range of research subjects.In dieser Arbeit werden zwei neuartige Implementierungen präsentiert, die im Design und in der Datenanalyse von genomischen Hochdurchsatz-Experiment hilfreich sein könnten. Die erste Implementierung bildet eine effiziente und flexible Auswahl-Pipeline für Tiling-Proben, basierend auf einem Eindeutigkeitsmaß mit einer Maluswertung. Als zweite Implementierung wurde ein neuartiges Hidden-Semi-Markov-Modell (HSMM) im Bioconductor Projekt verfügbar gemacht.tiling arrayHSMMsequencingsegmentationfunctional genomicsbioinformaticsUniversitätsbibliothek Rostockhttp://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001444doctype:epubdoctype:epubDokumenttypDocument typedoctype:epub.dissertationdoctype:epub.dissertationDissertationdoctoral thesisdiniPublType:doctoralThesis diniPublType2022:PhDThesis XMetaDissPlusThesisLevel:thesis.doctoralinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisdocumentnatureOfContent:ppn_105825778natureOfContent:ppn_105825778HochschulschriftdiniPublType2022:DoctoralThesisdiniPublType2022:DoctoralThesisDissertation oder HabilitationDoctoral thesisDRIVERdiniPublType2022:PhDThesisdiniPublType2022:PhDThesisDissertationPhD thesisKDSF (Pu34)XMetaDissPlusThesisLevel:thesis.doctoralXMetaDissPlusThesisLevel:thesis.doctoralDoktorarbeitdoctoral thesisrfc5646:enrfc5646:enEnglischEnglishengengSDNB:000SDNB:000000 Allgemeines, Wissenschaft000 Generalities, ScienceSDNB:570SDNB:570570 Biowissenschaften, Biologie570 Life scienceinstitution:unirostockinstitution:unirostockUniversität RostockUniversity of RostockUniversität RostockUniversität RostockUni.Rostockhttp://d-nb.info/gnd/38329-6institution:unirostock.iefinstitution:unirostock.iefFakultät für Informatik und ElektrotechnikFaculty of Computer Science and Electrical EngineeringUniversität Rostock. Fakultät für Informatik und ElektrotechnikFakultät für Informatik<br />und ElektrotechnikUni.Rostock.Fakultaet.IEFhttp://d-nb.info/gnd/10085032-7accesscondition:openaccessaccesscondition:openaccessfrei zugänglich (Open Access)open accesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2OAfreeinfo:eu-repo/semantics/openAccess[DE-28]Open Access$gControlled Vocabulary for Access Rights$uhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2licenseinfo:metadatalicenseinfo:metadataLizenzen für Metadatenlicenseinfo:metadata.cc0licenseinfo:metadata.cc0Lizenz Metadaten: CC0license metadata: CC0/creativecommons/p/zero/1.0/88x31.pnghttps://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/licenseinfo:depositlicenseinfo:depositVeröffentlichungsgenehmigungpermission to storelicenseinfo:deposit.rightsgrantedlicenseinfo:deposit.rightsgrantedNutzungsrechte erteiltrights grantedlicenseinfo:worklicenseinfo:workWerkworklicenseinfo:work.rightsreservedlicenseinfo:work.rightsreservedalle Rechte vorbehaltenall rights reserved/creativecommons/r/reserved/0.9/88x31.png[DE-28]Urheberrechtsschutz 1.0$gRights Statements$uhttp://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/http://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/http://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/Functional characterization and annotation of trait-associated genomic regions by transcriptome analysisFunctional characterization and annotation of trait-associated genomic regions by transcriptome analysisgnd:1062825780gnd:137244754gnd:128916303gnd:10085032-7gnd:1062825780gnd:137244754gnd:128916303gnd:10085032-7rosdok_disshab_0000001265-d221537e39gnd:1062825780Yang DuYang Durosdok_disshab_0000001265-d221537e60gnd:137244754Prof. Dr.-ing. Thomas KirsteProf. Dr.-ing. Thomas Kirsterosdok_disshab_0000001265-d221537e75Prof. Dr. rer. nat. Wimmers KlausProf. Dr. rer. nat. Wimmers Klausrosdok_disshab_0000001265-d221537e88Prof. Dr. rer. nat. Füllen GeorgProf. Dr. rer. nat. Füllen Georgrosdok_disshab_0000001265-d221537e102gnd:128916303Prof. Dr. Mario StankeProf. Dr. Mario Stankerosdok_disshab_0000001265-d221537e117gnd:10085032-7Universität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikUniversität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikYang DuProf. Dr.-ing. Thomas KirsteProf. Dr. rer. nat. Wimmers KlausProf. Dr. rer. nat. Füllen GeorgProf. Dr. Mario StankeUniversität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikYang DuProf. Dr.-ing. Thomas KirsteProf. Dr. rer. nat. Wimmers KlausProf. Dr. rer. nat. Füllen GeorgProf. Dr. Mario StankeUniversität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikYang DuRostockUniversität Rostockepub.dissertation10.18453/rosdok_id00001444http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001444urn:nbn:de:gbv:28-diss2014-0196-0tiling arrayHSMMsequencingsegmentationfunctional genomicsbioinformaticsIn this work, two novel implementations have been presented, which could assist in the design and data analysis of high-throughput genomic experiments. An efficient and flexible tiling probe selection pipeline utilizing the penalized uniqueness score has been implemented, which could be employed in the design of various types and scales of genome tiling task. A novel hidden semi-Markov model (HSMM) implementation is made available within the Bioconductor project, which provides a unified interface for segmenting genomic data in a wide range of research subjects.In dieser Arbeit werden zwei neuartige Implementierungen präsentiert, die im Design und in der Datenanalyse von genomischen Hochdurchsatz-Experiment hilfreich sein könnten. Die erste Implementierung bildet eine effiziente und flexible Auswahl-Pipeline für Tiling-Proben, basierend auf einem Eindeutigkeitsmaß mit einer Maluswertung. Als zweite Implementierung wurde ein neuartiges Hidden-Semi-Markov-Modell (HSMM) im Bioconductor Projekt verfügbar gemacht.20142014epub.dissertation1 Dissertation_Du_2014.pdf 4689433 e2315a12ed2d91fd9f135ce743231fa4 rosdok/id00001444812372174MODS updated during RosDok migration in June 2021DissertationHochschulschrift1062825780YangDu1983-VerfasserInautFunctional characterization and annotation of trait-associated genomic regions by transcriptome analysisen137244754Prof. Dr.-ing.ThomasKirsteUniversität Rostock, Fakultät für Informatik und ElektrotechnikAkademischeR BetreuerIndgsProf. Dr. rer. nat.WimmersKlausLeibniz-Institut für Nutztierbiologie, GenombiologieAkademischeR BetreuerIndgsProf. Dr. rer. nat.FüllenGeorgUniversitätsmedizin Rostock, Institut für Biostatistik und Informatik in Medizin und AlternsforschungAkademischeR BetreuerIndgs128916303Prof. Dr.MarioStankeUniversität Greifswald, Institut für Mathematik und InformatikAkademischeR BetreuerIndgs10085032-7Universität RostockFakultät für Informatik und ElektrotechnikGrad-verleihende Institutiondgg10.18453/rosdok_id00001444http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001444urn:nbn:de:gbv:28-diss2014-0196-0000 Allgemeines, Wissenschaft570 Biowissenschaften, BiologieFakultät für Informatik und Elektrotechnikfrei zugänglich (Open Access)Lizenz Metadaten: CC0Nutzungsrechte erteiltalle Rechte vorbehaltenUniversität RostockRostock2014monographic20142014Universitätsbibliothek RostockRostock20142014In this work, two novel implementations have been presented, which could assist in the design and data analysis of high-throughput genomic experiments. An efficient and flexible tiling probe selection pipeline utilizing the penalized uniqueness score has been implemented, which could be employed in the design of various types and scales of genome tiling task. A novel hidden semi-Markov model (HSMM) implementation is made available within the Bioconductor project, which provides a unified interface for segmenting genomic data in a wide range of research subjects.In dieser Arbeit werden zwei neuartige Implementierungen präsentiert, die im Design und in der Datenanalyse von genomischen Hochdurchsatz-Experiment hilfreich sein könnten. Die erste Implementierung bildet eine effiziente und flexible Auswahl-Pipeline für Tiling-Proben, basierend auf einem Eindeutigkeitsmaß mit einer Maluswertung. Als zweite Implementierung wurde ein neuartiges Hidden-Semi-Markov-Modell (HSMM) im Bioconductor Projekt verfügbar gemacht.tiling arrayHSMMsequencingsegmentationfunctional genomicsbioinformaticsUniversitätsbibliothek Rostockhttp://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001444 2014-11-28T14:16:33.969Z 2023-08-08T10:05:27.883Z 2023-08-18T10:05:27.888Z editorD {"identifier":"rosdok/id00001444","type":"local_id","additional":"","service":"MCRLocalID","created":"2018-06-30T13:12:51.060Z"} {"identifier":"http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001444","type":"purl","additional":"","service":"RosDokPURL","created":"2018-06-30T13:12:51.213Z","registered":"2018-06-30T13:12:51.213Z"} {"identifier":"10.18453/rosdok_id00001444","type":"doi","additional":"","service":"RosDokDOI","created":"2018-06-30T13:12:52.501Z","registered":"2018-06-30T13:12:52.501Z"} {"identifier":"urn:nbn:de:gbv:28-diss2014-0196-0","type":"dnbUrn","additional":"","service":"RosDokURN","created":"2018-06-30T13:12:51.066Z","registered":"2014-12-10T03:07:53.203Z"} administratorfulltextfile/rosdok_disshab_0000001265/rosdok_derivate_0000021908/Dissertation_Du_2014.pdfFunctional characterization and annotation of trait-associated genomic regions by transcriptome analysisFunctional characterization and annotation of trait-associated genomic regions by transcriptome analysisgnd:1062825780gnd:137244754gnd:128916303gnd:10085032-7gnd:1062825780gnd:137244754gnd:128916303gnd:10085032-7rosdok_disshab_0000001265-d221537e39gnd:1062825780Yang DuYang Durosdok_disshab_0000001265-d221537e60gnd:137244754Prof. Dr.-ing. 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