mycoreobjectrosdok_disshab_0000001533rosdok_disshab_0000001533rosdokdisshabrosdok_derivate_00000344472023-08-08T10:06:47.303Z2016-04-13T13:06:28.885ZadministratoreditorDpublished1rosdok_derivate_0000034447truetruederivate_types:fulltextVolltextfulltextwf_edit_epub wf_register_epubstate:publishedstate:publishedveröffentlichtpublishedrosdok/id00001712857818236MODS updated during RosDok migration in June 2021DissertationHochschulschrift1096366983DajanaDomik1985-VerfasserInautElucidation of a gene cluster involved in the biosynthesis of the volatile metabolite sodorifen emitted by Serratia plymuthica 4Rx13Aufklärung des Genclusters für die Biosynthese des flüchtigen Sekundärmetabolit Sodorifen, welches durch Serratia plymuthca 4Rx13 emittiert wirden131807838Prof. Dr.BirgitPiechullaUniversität Rostock, Institut für BiowissenschaftenAkademischeR BetreuerIndgsProf. Dr.StefanSchulzTechnische Universität Braunschweig, Institut für Organische ChemieAkademischeR BetreuerIndgs2147083-2Universität RostockMathematisch-Naturwissenschaftliche FakultätGrad-verleihende Institutiondgg10.18453/rosdok_id00001712http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001712urn:nbn:de:gbv:28-diss2016-0025-6570 Biowissenschaften, BiologieMathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultätfrei zugänglich (Open Access)Lizenz Metadaten: CC0Nutzungsrechte erteiltalle Rechte vorbehaltenUniversität RostockRostock2016monographic20162016Universitätsbibliothek RostockRostock20162016The objective of this work was the elucidation of the biosynthesis of the secondary metabolite sodorifen, which is emitted by the bacterium Serratia plymuthica 4Rx13. Therefore, the genome and transcriptome data of the producer isolate 4Rx13 and the non-producer isolate AS9 were analyzed. The combination of genome and transcriptome data led to a list of potential candidate genes, which were checked for their functional involvement into the biosynthesis of sodorifen by mutagenesis. Consequently, a cluster of four genes was located and further investigated.Das Ziel dieser Arbeit war die Aufklärung der Biosynthese des Sekundärmetaboliten Sodorifen, das vom Bakterium Serratia plymuthica 4Rx13 abgegeben wird. Für die Untersuchung wurde das Genom und das Transkriptom des Sodorifen-Produzenten Isolat 4Rx13 mit dem Nicht-Produzenten Isolat AS9 verglichen. Mittels vergleichender Analyse konnte eine Liste von Kandidatengenen erstellt werden. Diese wurden hinsichtlich ihrer Funktion bei der Sodorifenbiosynthese durch Mutagenese überprüft. Letztendlich konnte so ein Cluster, bestehend aus vier Genen, ausfindig gemacht und detaillierter untersucht werden.BacteriaTranscriptomeGenomeUniversitätsbibliothek Rostockhttp://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001712doctype:epubdoctype:epubDokumenttypDocument typedoctype:epub.dissertationdoctype:epub.dissertationDissertationdoctoral thesisdiniPublType:doctoralThesis diniPublType2022:PhDThesis XMetaDissPlusThesisLevel:thesis.doctoralinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisdocumentnatureOfContent:ppn_105825778natureOfContent:ppn_105825778HochschulschriftdiniPublType2022:DoctoralThesisdiniPublType2022:DoctoralThesisDissertation oder HabilitationDoctoral thesisDRIVERdiniPublType2022:PhDThesisdiniPublType2022:PhDThesisDissertationPhD thesisKDSF (Pu34)XMetaDissPlusThesisLevel:thesis.doctoralXMetaDissPlusThesisLevel:thesis.doctoralDoktorarbeitdoctoral thesisrfc5646:enrfc5646:enEnglischEnglishengengSDNB:570SDNB:570570 Biowissenschaften, Biologie570 Life scienceinstitution:unirostockinstitution:unirostockUniversität RostockUniversity of RostockUniversität RostockUniversität RostockUni.Rostockhttp://d-nb.info/gnd/38329-6institution:unirostock.mnfinstitution:unirostock.mnfMathematisch-Naturwissenschaftliche FakultätFaculty of Mathematics and Natural SciencesUniversität Rostock. Mathematisch-Naturwissenschaftliche FakultätMathematisch-Natur-<br />wissenschaftliche FakultätUni.Rostock.Fakultaet.MNFhttp://d-nb.info/gnd/2147083-2accesscondition:openaccessaccesscondition:openaccessfrei zugänglich (Open Access)open accesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2OAfreeinfo:eu-repo/semantics/openAccess[DE-28]Open Access$gControlled Vocabulary for Access Rights$uhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2licenseinfo:metadatalicenseinfo:metadataLizenzen für Metadatenlicenseinfo:metadata.cc0licenseinfo:metadata.cc0Lizenz Metadaten: CC0license metadata: CC0/creativecommons/p/zero/1.0/88x31.pnghttps://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/licenseinfo:depositlicenseinfo:depositVeröffentlichungsgenehmigungpermission to storelicenseinfo:deposit.rightsgrantedlicenseinfo:deposit.rightsgrantedNutzungsrechte erteiltrights grantedlicenseinfo:worklicenseinfo:workWerkworklicenseinfo:work.rightsreservedlicenseinfo:work.rightsreservedalle Rechte vorbehaltenall rights reserved/creativecommons/r/reserved/0.9/88x31.png[DE-28]Urheberrechtsschutz 1.0$gRights Statements$uhttp://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/http://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/http://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/Elucidation of a gene cluster involved in the biosynthesis of the volatile metabolite sodorifen emitted by Serratia plymuthica 4Rx13Aufklärung des Genclusters für die Biosynthese des flüchtigen Sekundärmetabolit Sodorifen, welches durch Serratia plymuthca 4Rx13 emittiert wirdElucidation of a gene cluster involved in the biosynthesis of the volatile metabolite sodorifen emitted by Serratia plymuthica 4Rx13gnd:1096366983gnd:131807838gnd:2147083-2gnd:1096366983gnd:131807838gnd:2147083-2rosdok_disshab_0000001533-d5899e39gnd:1096366983Dajana DomikDajana Domikrosdok_disshab_0000001533-d5899e62gnd:131807838Prof. Dr. Birgit PiechullaProf. Dr. Birgit Piechullarosdok_disshab_0000001533-d5899e77Prof. Dr. Stefan SchulzProf. Dr. Stefan Schulzrosdok_disshab_0000001533-d5899e91gnd:2147083-2Universität Rostock Mathematisch-Naturwissenschaftliche FakultätUniversität Rostock Mathematisch-Naturwissenschaftliche FakultätDajana DomikProf. Dr. Birgit PiechullaProf. Dr. Stefan SchulzUniversität Rostock Mathematisch-Naturwissenschaftliche FakultätDajana DomikProf. Dr. Birgit PiechullaProf. Dr. Stefan SchulzUniversität Rostock Mathematisch-Naturwissenschaftliche FakultätDajana DomikRostockUniversität Rostockepub.dissertation10.18453/rosdok_id00001712http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001712urn:nbn:de:gbv:28-diss2016-0025-6BacteriaTranscriptomeGenomeThe objective of this work was the elucidation of the biosynthesis of the secondary metabolite sodorifen, which is emitted by the bacterium Serratia plymuthica 4Rx13. Therefore, the genome and transcriptome data of the producer isolate 4Rx13 and the non-producer isolate AS9 were analyzed. The combination of genome and transcriptome data led to a list of potential candidate genes, which were checked for their functional involvement into the biosynthesis of sodorifen by mutagenesis. Consequently, a cluster of four genes was located and further investigated.Das Ziel dieser Arbeit war die Aufklärung der Biosynthese des Sekundärmetaboliten Sodorifen, das vom Bakterium Serratia plymuthica 4Rx13 abgegeben wird. Für die Untersuchung wurde das Genom und das Transkriptom des Sodorifen-Produzenten Isolat 4Rx13 mit dem Nicht-Produzenten Isolat AS9 verglichen. Mittels vergleichender Analyse konnte eine Liste von Kandidatengenen erstellt werden. Diese wurden hinsichtlich ihrer Funktion bei der Sodorifenbiosynthese durch Mutagenese überprüft. Letztendlich konnte so ein Cluster, bestehend aus vier Genen, ausfindig gemacht und detaillierter untersucht werden.20162016epub.dissertation1 Dissertation_Domik_2016.pdf 4396331 778c639c9878e202f9eab20dfb9229c6 rosdok/id00001712857818236MODS updated during RosDok migration in June 2021DissertationHochschulschrift1096366983DajanaDomik1985-VerfasserInautElucidation of a gene cluster involved in the biosynthesis of the volatile metabolite sodorifen emitted by Serratia plymuthica 4Rx13Aufklärung des Genclusters für die Biosynthese des flüchtigen Sekundärmetabolit Sodorifen, welches durch Serratia plymuthca 4Rx13 emittiert wirden131807838Prof. Dr.BirgitPiechullaUniversität Rostock, Institut für BiowissenschaftenAkademischeR BetreuerIndgsProf. Dr.StefanSchulzTechnische Universität Braunschweig, Institut für Organische ChemieAkademischeR BetreuerIndgs2147083-2Universität RostockMathematisch-Naturwissenschaftliche FakultätGrad-verleihende Institutiondgg10.18453/rosdok_id00001712http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001712urn:nbn:de:gbv:28-diss2016-0025-6570 Biowissenschaften, BiologieMathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultätfrei zugänglich (Open Access)Lizenz Metadaten: CC0Nutzungsrechte erteiltalle Rechte vorbehaltenUniversität RostockRostock2016monographic20162016Universitätsbibliothek RostockRostock20162016The objective of this work was the elucidation of the biosynthesis of the secondary metabolite sodorifen, which is emitted by the bacterium Serratia plymuthica 4Rx13. Therefore, the genome and transcriptome data of the producer isolate 4Rx13 and the non-producer isolate AS9 were analyzed. The combination of genome and transcriptome data led to a list of potential candidate genes, which were checked for their functional involvement into the biosynthesis of sodorifen by mutagenesis. Consequently, a cluster of four genes was located and further investigated.Das Ziel dieser Arbeit war die Aufklärung der Biosynthese des Sekundärmetaboliten Sodorifen, das vom Bakterium Serratia plymuthica 4Rx13 abgegeben wird. Für die Untersuchung wurde das Genom und das Transkriptom des Sodorifen-Produzenten Isolat 4Rx13 mit dem Nicht-Produzenten Isolat AS9 verglichen. Mittels vergleichender Analyse konnte eine Liste von Kandidatengenen erstellt werden. Diese wurden hinsichtlich ihrer Funktion bei der Sodorifenbiosynthese durch Mutagenese überprüft. Letztendlich konnte so ein Cluster, bestehend aus vier Genen, ausfindig gemacht und detaillierter untersucht werden.BacteriaTranscriptomeGenomeUniversitätsbibliothek Rostockhttp://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001712 2016-04-13T13:06:28.885Z 2023-08-08T10:06:47.303Z 2023-08-18T10:06:47.308Z editorD {"identifier":"rosdok/id00001712","type":"local_id","additional":"","service":"MCRLocalID","created":"2018-06-30T13:22:16.655Z"} {"identifier":"http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001712","type":"purl","additional":"","service":"RosDokPURL","created":"2018-06-30T13:22:16.842Z","registered":"2018-06-30T13:22:16.842Z"} {"identifier":"10.18453/rosdok_id00001712","type":"doi","additional":"","service":"RosDokDOI","created":"2018-06-30T13:22:18.119Z","registered":"2018-06-30T13:22:18.119Z"} {"identifier":"urn:nbn:de:gbv:28-diss2016-0025-6","type":"dnbUrn","additional":"","service":"RosDokURN","created":"2018-06-30T13:22:16.662Z","registered":"2016-05-03T02:26:19.273Z"} administratorfulltextfile/rosdok_disshab_0000001533/rosdok_derivate_0000034447/Dissertation_Domik_2016.pdfElucidation of a gene cluster involved in the biosynthesis of the volatile metabolite sodorifen emitted by Serratia plymuthica 4Rx13Aufklärung des Genclusters für die Biosynthese des flüchtigen Sekundärmetabolit Sodorifen, welches durch Serratia plymuthca 4Rx13 emittiert wirdElucidation of a gene cluster involved in the biosynthesis of the volatile metabolite sodorifen emitted by Serratia plymuthica 4Rx13gnd:1096366983gnd:131807838gnd:2147083-2gnd:1096366983gnd:131807838gnd:2147083-2rosdok_disshab_0000001533-d5899e39gnd:1096366983Dajana DomikDajana Domikrosdok_disshab_0000001533-d5899e62gnd:131807838Prof. Dr. Birgit PiechullaProf. Dr. Birgit Piechullarosdok_disshab_0000001533-d5899e77Prof. Dr. Stefan SchulzProf. Dr. Stefan Schulzrosdok_disshab_0000001533-d5899e91gnd:2147083-2Universität Rostock Mathematisch-Naturwissenschaftliche FakultätUniversität Rostock Mathematisch-Naturwissenschaftliche FakultätDajana DomikProf. Dr. Birgit PiechullaProf. Dr. Stefan SchulzUniversität Rostock Mathematisch-Naturwissenschaftliche FakultätDajana DomikProf. Dr. Birgit PiechullaProf. Dr. Stefan SchulzUniversität Rostock Mathematisch-Naturwissenschaftliche FakultätDajana DomikRostockUniversität Rostockepub.dissertation10.18453/rosdok_id00001712http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001712urn:nbn:de:gbv:28-diss2016-0025-6BacteriaTranscriptomeGenomeThe objective of this work was the elucidation of the biosynthesis of the secondary metabolite sodorifen, which is emitted by the bacterium Serratia plymuthica 4Rx13. 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