mycoreobjectrosdok_disshab_0000001705rosdok_disshab_0000001705rosdokdisshabrosdok_derivate_00000368392023-08-08T10:07:48.782Z2017-04-11T08:31:25.034ZadministratoreditorDpublished1rosdok_derivate_0000036839truetruederivate_types:fulltextVolltextfulltextwf_edit_epub wf_register_epubstate:publishedstate:publishedveröffentlichtpublishedrosdok/id0000188388455225XMODS updated during RosDok migration in June 2021DissertationHochschulschrift1129879410Arne T.Bittig1980-VerfasserInautML-Spacehybrid spatial Gillespie and Brownian motion simulation at multiple levels, and a rule-based description languageen136258794Prof. Dr. rer. nat. habil.AdelindeUhrmacherUniversität Rostock, Institut für InformatikAkademischeR BetreuerIndgsAssociate Professor, PhDJamesFaederUniversity of Pittsburgh, School of MedicineAkademischeR BetreuerIndgsProf. Dr. techn.HeinzKoepplTechnische Universität Darmstadt, Institut für NachrichtentechnikAkademischeR BetreuerIndgs10085032-7Universität RostockFakultät für Informatik und ElektrotechnikGrad-verleihende Institutiondgg10.18453/rosdok_id00001883http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001883urn:nbn:de:gbv:28-diss2017-0047-4000 Allgemeines, WissenschaftFakultät für Informatik und Elektrotechnikfrei zugänglich (Open Access)Lizenz Metadaten: CC0Nutzungsrechte erteiltalle Rechte vorbehaltenUniversität RostockRostock2017monographic20172017Universitätsbibliothek RostockRostock20172017Computer simulations of biological cells as well-stirred systems are well established but neglect the spatial distribution of key actors. In this thesis, a simulation algorithm "ML-Space" for spatial models with dynamic hierarchies is presented. It combines stochastic spatial algorithms in discretized space with individual particles moving in continuous space that have spatial extensions and can contain other particles. For formal descriptions of the systems to be simulated spatially, ML-Space provides a rule-based specification language.Computersimulationen mikrobiologischer Prozesse, bei denen eine homogene Verteilung der Akteure einer Zelle angenommen wird, sind gut etabliert. In dieser Arbeit wird ein räumlicher Simulationsalgorithmus "ML-Space" für Mehrebenenmodelle vorgestellt, der auch dynamische Hierarchien abdeckt. Er vereint stochastische räumliche Algorithmen in diskretisiertem Raum mit individuellen Partikeln mit kontinuierlichen Koordinaten, die andere Partikel enthalten können. Zur formalen Beschreibung der räumlich zu simulierenden Systeme bietet ML-Space eine regelbasierte Modellierungssprache.systems biologyformal languagespatial simulationSystembiologieFormale Sprachenräumliche SimulationUniversitätsbibliothek Rostockhttp://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001883doctype:epubdoctype:epubDokumenttypDocument typedoctype:epub.dissertationdoctype:epub.dissertationDissertationdoctoral thesisdiniPublType:doctoralThesis diniPublType2022:PhDThesis XMetaDissPlusThesisLevel:thesis.doctoralinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisdocumentnatureOfContent:ppn_105825778natureOfContent:ppn_105825778HochschulschriftdiniPublType2022:DoctoralThesisdiniPublType2022:DoctoralThesisDissertation oder HabilitationDoctoral thesisDRIVERdiniPublType2022:PhDThesisdiniPublType2022:PhDThesisDissertationPhD thesisKDSF (Pu34)XMetaDissPlusThesisLevel:thesis.doctoralXMetaDissPlusThesisLevel:thesis.doctoralDoktorarbeitdoctoral thesisrfc5646:enrfc5646:enEnglischEnglishengengSDNB:000SDNB:000000 Allgemeines, Wissenschaft000 Generalities, Scienceinstitution:unirostockinstitution:unirostockUniversität RostockUniversity of RostockUniversität RostockUniversität RostockUni.Rostockhttp://d-nb.info/gnd/38329-6institution:unirostock.iefinstitution:unirostock.iefFakultät für Informatik und ElektrotechnikFaculty of Computer Science and Electrical EngineeringUniversität Rostock. Fakultät für Informatik und ElektrotechnikFakultät für Informatik<br />und ElektrotechnikUni.Rostock.Fakultaet.IEFhttp://d-nb.info/gnd/10085032-7accesscondition:openaccessaccesscondition:openaccessfrei zugänglich (Open Access)open accesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2OAfreeinfo:eu-repo/semantics/openAccess[DE-28]Open Access$gControlled Vocabulary for Access Rights$uhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2licenseinfo:metadatalicenseinfo:metadataLizenzen für Metadatenlicenseinfo:metadata.cc0licenseinfo:metadata.cc0Lizenz Metadaten: CC0license metadata: CC0/creativecommons/p/zero/1.0/88x31.pnghttps://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/licenseinfo:depositlicenseinfo:depositVeröffentlichungsgenehmigungpermission to storelicenseinfo:deposit.rightsgrantedlicenseinfo:deposit.rightsgrantedNutzungsrechte erteiltrights grantedlicenseinfo:worklicenseinfo:workWerkworklicenseinfo:work.rightsreservedlicenseinfo:work.rightsreservedalle Rechte vorbehaltenall rights reserved/creativecommons/r/reserved/0.9/88x31.png[DE-28]Urheberrechtsschutz 1.0$gRights Statements$uhttp://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/http://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/http://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/ML-Spacehybrid spatial Gillespie and Brownian motion simulation at multiple levels, and a rule-based description languageML-Spacehybrid spatial Gillespie and Brownian motion simulation at multiple levels, and a rule-based description languagegnd:1129879410gnd:136258794gnd:10085032-7gnd:1129879410gnd:136258794gnd:10085032-7rosdok_disshab_0000001705-d752359e39gnd:1129879410Arne T. BittigArne T. Bittigrosdok_disshab_0000001705-d752359e61gnd:136258794Prof. Dr. rer. nat. habil. Adelinde UhrmacherProf. Dr. rer. nat. habil. Adelinde Uhrmacherrosdok_disshab_0000001705-d752359e76Associate Professor, PhD James FaederAssociate Professor, PhD James Faederrosdok_disshab_0000001705-d752359e89Prof. Dr. techn. Heinz KoepplProf. Dr. techn. Heinz Koepplrosdok_disshab_0000001705-d752359e103gnd:10085032-7Universität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikUniversität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikArne T. BittigProf. Dr. rer. nat. habil. Adelinde UhrmacherAssociate Professor, PhD James FaederProf. Dr. techn. Heinz KoepplUniversität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikArne T. BittigProf. Dr. rer. nat. habil. Adelinde UhrmacherAssociate Professor, PhD James FaederProf. Dr. techn. Heinz KoepplUniversität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikArne T. BittigRostockUniversität Rostockepub.dissertation10.18453/rosdok_id00001883http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001883urn:nbn:de:gbv:28-diss2017-0047-4systems biologyformal languagespatial simulationSystembiologieFormale Sprachenräumliche SimulationComputer simulations of biological cells as well-stirred systems are well established but neglect the spatial distribution of key actors. In this thesis, a simulation algorithm "ML-Space" for spatial models with dynamic hierarchies is presented. It combines stochastic spatial algorithms in discretized space with individual particles moving in continuous space that have spatial extensions and can contain other particles. For formal descriptions of the systems to be simulated spatially, ML-Space provides a rule-based specification language.Computersimulationen mikrobiologischer Prozesse, bei denen eine homogene Verteilung der Akteure einer Zelle angenommen wird, sind gut etabliert. In dieser Arbeit wird ein räumlicher Simulationsalgorithmus "ML-Space" für Mehrebenenmodelle vorgestellt, der auch dynamische Hierarchien abdeckt. Er vereint stochastische räumliche Algorithmen in diskretisiertem Raum mit individuellen Partikeln mit kontinuierlichen Koordinaten, die andere Partikel enthalten können. Zur formalen Beschreibung der räumlich zu simulierenden Systeme bietet ML-Space eine regelbasierte Modellierungssprache.20172017epub.dissertation1 Dissertation_Bittig_2017.pdf 11248336 23cedc28999b4038c6163a0fea1ec203 rosdok/id0000188388455225XMODS updated during RosDok migration in June 2021DissertationHochschulschrift1129879410Arne T.Bittig1980-VerfasserInautML-Spacehybrid spatial Gillespie and Brownian motion simulation at multiple levels, and a rule-based description languageen136258794Prof. Dr. rer. nat. habil.AdelindeUhrmacherUniversität Rostock, Institut für InformatikAkademischeR BetreuerIndgsAssociate Professor, PhDJamesFaederUniversity of Pittsburgh, School of MedicineAkademischeR BetreuerIndgsProf. Dr. techn.HeinzKoepplTechnische Universität Darmstadt, Institut für NachrichtentechnikAkademischeR BetreuerIndgs10085032-7Universität RostockFakultät für Informatik und ElektrotechnikGrad-verleihende Institutiondgg10.18453/rosdok_id00001883http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001883urn:nbn:de:gbv:28-diss2017-0047-4000 Allgemeines, WissenschaftFakultät für Informatik und Elektrotechnikfrei zugänglich (Open Access)Lizenz Metadaten: CC0Nutzungsrechte erteiltalle Rechte vorbehaltenUniversität RostockRostock2017monographic20172017Universitätsbibliothek RostockRostock20172017Computer simulations of biological cells as well-stirred systems are well established but neglect the spatial distribution of key actors. In this thesis, a simulation algorithm "ML-Space" for spatial models with dynamic hierarchies is presented. It combines stochastic spatial algorithms in discretized space with individual particles moving in continuous space that have spatial extensions and can contain other particles. For formal descriptions of the systems to be simulated spatially, ML-Space provides a rule-based specification language.Computersimulationen mikrobiologischer Prozesse, bei denen eine homogene Verteilung der Akteure einer Zelle angenommen wird, sind gut etabliert. In dieser Arbeit wird ein räumlicher Simulationsalgorithmus "ML-Space" für Mehrebenenmodelle vorgestellt, der auch dynamische Hierarchien abdeckt. Er vereint stochastische räumliche Algorithmen in diskretisiertem Raum mit individuellen Partikeln mit kontinuierlichen Koordinaten, die andere Partikel enthalten können. Zur formalen Beschreibung der räumlich zu simulierenden Systeme bietet ML-Space eine regelbasierte Modellierungssprache.systems biologyformal languagespatial simulationSystembiologieFormale Sprachenräumliche SimulationUniversitätsbibliothek Rostockhttp://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001883 2017-04-11T08:31:25.034Z 2023-08-08T10:07:48.782Z 2023-08-18T10:07:48.787Z editorD {"identifier":"rosdok/id00001883","type":"local_id","additional":"","service":"MCRLocalID","created":"2018-06-30T13:28:31.584Z"} {"identifier":"http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00001883","type":"purl","additional":"","service":"RosDokPURL","created":"2018-06-30T13:28:31.768Z","registered":"2018-06-30T13:28:31.768Z"} {"identifier":"10.18453/rosdok_id00001883","type":"doi","additional":"","service":"RosDokDOI","created":"2018-06-30T13:28:33.032Z","registered":"2018-06-30T13:28:33.032Z"} {"identifier":"urn:nbn:de:gbv:28-diss2017-0047-4","type":"dnbUrn","additional":"","service":"RosDokURN","created":"2018-06-30T13:28:31.591Z","registered":"2017-04-19T02:26:04.357Z"} administratorfulltextfile/rosdok_disshab_0000001705/rosdok_derivate_0000036839/Dissertation_Bittig_2017.pdfML-Spacehybrid spatial Gillespie and Brownian motion simulation at multiple levels, and a rule-based description languageML-Spacehybrid spatial Gillespie and Brownian motion simulation at multiple levels, and a rule-based description languagegnd:1129879410gnd:136258794gnd:10085032-7gnd:1129879410gnd:136258794gnd:10085032-7rosdok_disshab_0000001705-d752359e39gnd:1129879410Arne T. 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In dieser Arbeit wird ein räumlicher Simulationsalgorithmus "ML-Space" für Mehrebenenmodelle vorgestellt, der auch dynamische Hierarchien abdeckt. Er vereint stochastische räumliche Algorithmen in diskretisiertem Raum mit individuellen Partikeln mit kontinuierlichen Koordinaten, die andere Partikel enthalten können. Zur formalen Beschreibung der räumlich zu simulierenden Systeme bietet ML-Space eine regelbasierte Modellierungssprache.20172017[xslt]Saxonrosdok/id00001883https://purl.uni-rostock.de/rosdok/id0000188388455225X10.18453/rosdok_id00001883urn:nbn:de:gbv:28-diss2017-0047-4Arne T. BittigBittig Arne T.ML-Space : hybrid spatial Gillespie and Brownian motion simulation at multiple levels, and a rule-based description languageDissertationdoctoral thesisUniversität Rostock, 2017Computer simulations of biological cells as well-stirred systems are well established but neglect the spatial distribution of key actors. 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