mycoreobjectrosdok_disshab_0000002406rosdok_disshab_0000002406rosdokdisshabrosdok_derivate_00000964502023-08-08T10:12:09.670Z2020-12-21T09:35:11.113ZadministratoreditorDpublished1rosdok_derivate_0000096450truetruederivate_types:fulltextVolltextfulltextwf_edit_epub wf_register_epubstate:publishedstate:publishedveröffentlichtpublishedrosdok/id000028681743350384Oau2020-12-212023-08-05T19:16:02ZrdaConverted from PICA to MODS using Pica2Mods XSLT Transformer 2.7 [SCM: "0c0e7a3c226a4a0cbcbec39b493c3c5257339ab8" "v2.7" "2023-08-04T00:00:00+0200"] with mode 'DEFAULT'.DissertationHochschulschriftCustomized workflow development and omics data integration concepts in systems medicineThe ever-increasing amount and diversity of biological and medical data is a major challenge in computational analyses. Computational methods have to be combined into analysis workflows for seamless, swift, and transparent computation. In this work, numerous workflows were developed for the general processing of bulk RNA sequencing (RNA-Seq), single-cell sequencing experiments, and non-coding RNA identification. Mathematical concepts of machine learning and univariate meta-analyses were successfully implemented to independently investigate the role of cell therapies in cardiac regeneration.Die wachsende Menge und Vielfalt biologischer und medizinischer Daten ist eine große Herausforderung in Computeranalysen. Berechnungsmethoden müssen für eine schnelle und transparente Berechnung zu Workflows kombiniert werden. In dieser Arbeit wurden Workflows für die allgemeine Verarbeitung von RNA-Sequenzierung (RNA-Seq) sowie Einzelzell RNA-Seq und die nichtkodierende RNA-Identifizierung entwickelt. Mathematische Konzepte des maschinellen Lernens und univariate Metaanalysen wurden erfolgreich implementiert, um die Rolle von Zelltherapien bei der Herzregeneration zu untersuchen.MarkusWolfien1989 -VerfasserInaut12238586770000-0002-1887-4772OlafWolkenhauer1966 -AkademischeR BetreuerIndgs1335159310000-0001-6105-2937DavidEllinghausAkademischeR BetreuerIndgs1120024528StefanSimmAkademischeR BetreuerIndgs38329-6Universität Rostock1419 -Grad-verleihende Institutiondgg10085032-7Universität RostockFakultät für Informatik und Elektrotechnik2004 -Grad-verleihende Institutiondgghttp://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00002868urn:nbn:de:gbv:28-rosdok_id00002868-510.18453/rosdok_id00002868004 Informatik570 Biowissenschaften, Biologie610 Medizin, GesundheitFakultät für Informatik und ElektrotechnikCC BY 4.0Nutzungsrechte erteiltLizenz Metadaten: CC0frei zugänglich (Open Access)en2020Universität RostockRostockmonographic202020202020Universitätsbibliothek RostockRostock2020Universitätsbibliothek Rostockhttp://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00002868Olaf Wolkenhauer (Universität Rostock) ; David Ellinghaus (Christian-Albrechts-Universität zu Kiel) ; Stefan Simm (Universitätsmedizin Greifswald)Enthält Zeitschriftenbeiträgevorgelegt von Markus WolfienProzessmanagementSequenzanalyseSequenzdatendoctype:epubdoctype:epubDokumenttypDocument typedoctype:epub.dissertationdoctype:epub.dissertationDissertationdoctoral thesisdiniPublType:doctoralThesis diniPublType2022:PhDThesis XMetaDissPlusThesisLevel:thesis.doctoralinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisdocumentnatureOfContent:ppn_105825778natureOfContent:ppn_105825778HochschulschriftdiniPublType2022:DoctoralThesisdiniPublType2022:DoctoralThesisDissertation oder HabilitationDoctoral thesisDRIVERdiniPublType2022:PhDThesisdiniPublType2022:PhDThesisDissertationPhD thesisKDSF (Pu34)XMetaDissPlusThesisLevel:thesis.doctoralXMetaDissPlusThesisLevel:thesis.doctoralDoktorarbeitdoctoral thesisSDNB:004SDNB:004004 Informatik004 Data processing Computer sciencesSDNB:570SDNB:570570 Biowissenschaften, Biologie570 Life scienceSDNB:610SDNB:610610 Medizin, Gesundheit610 Medical sciences Medicineinstitution:unirostockinstitution:unirostockUniversität RostockUniversity of RostockUniversität RostockUniversität RostockUni.Rostockhttp://d-nb.info/gnd/38329-6institution:unirostock.iefinstitution:unirostock.iefFakultät für Informatik und ElektrotechnikFaculty of Computer Science and Electrical EngineeringUniversität Rostock. Fakultät für Informatik und ElektrotechnikFakultät für Informatik<br />und ElektrotechnikUni.Rostock.Fakultaet.IEFhttp://d-nb.info/gnd/10085032-7licenseinfo:worklicenseinfo:workWerkworklicenseinfo:work.cclicenselicenseinfo:work.cclicenseCC-LizenzCC-licenselicenseinfo:work.cclicense.cc-bylicenseinfo:work.cclicense.cc-byCC BYCC BYlicenseinfo:work.cclicense.cc-by.v40licenseinfo:work.cclicense.cc-by.v40CC BY 4.0CC BY 4.0/creativecommons/l/by/4.0/88x31.png[DE-28]Namensnennung 4.0 International$cCC BY 4.0$gCreative Commons$uhttps://creativecommons.org/licenses/by/4.0/https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/licenseinfo:depositlicenseinfo:depositVeröffentlichungsgenehmigungpermission to storelicenseinfo:deposit.rightsgrantedlicenseinfo:deposit.rightsgrantedNutzungsrechte erteiltrights grantedlicenseinfo:metadatalicenseinfo:metadataLizenzen für Metadatenlicenseinfo:metadata.cc0licenseinfo:metadata.cc0Lizenz Metadaten: CC0license metadata: CC0/creativecommons/p/zero/1.0/88x31.pnghttps://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/accesscondition:openaccessaccesscondition:openaccessfrei zugänglich (Open Access)open accesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2OAfreeinfo:eu-repo/semantics/openAccess[DE-28]Open Access$gControlled Vocabulary for Access Rights$uhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2rfc5646:enrfc5646:enEnglischEnglishengengCustomized workflow development and omics data integration concepts in systems medicineCustomized workflow development and omics data integration concepts in systems medicinegnd:1223858677orcid:0000-0002-1887-4772gnd:133515931orcid:0000-0001-6105-2937gnd:1120024528gnd:38329-6gnd:10085032-7gnd:1223858677orcid:0000-0002-1887-4772gnd:133515931orcid:0000-0001-6105-2937gnd:1120024528gnd:38329-6gnd:10085032-7rosdok_disshab_0000002406-d664655e54gnd:1223858677orcid:0000-0002-1887-4772Markus WolfienMarkus Wolfienrosdok_disshab_0000002406-d664655e70gnd:133515931orcid:0000-0001-6105-2937Olaf WolkenhauerOlaf Wolkenhauerrosdok_disshab_0000002406-d664655e86gnd:1120024528David EllinghausDavid Ellinghausrosdok_disshab_0000002406-d664655e99Stefan SimmStefan Simmrosdok_disshab_0000002406-d664655e109gnd:38329-6Universität RostockUniversität Rostockrosdok_disshab_0000002406-d664655e120gnd:10085032-7Universität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikUniversität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikMarkus WolfienOlaf WolkenhauerDavid EllinghausStefan SimmUniversität RostockUniversität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikMarkus WolfienOlaf WolkenhauerDavid EllinghausStefan SimmUniversität RostockUniversität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikMarkus WolfienRostockUniversität Rostockepub.dissertationhttp://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00002868urn:nbn:de:gbv:28-rosdok_id00002868-510.18453/rosdok_id00002868ProzessmanagementSequenzanalyseSequenzdatenThe ever-increasing amount and diversity of biological and medical data is a major challenge in computational analyses. Computational methods have to be combined into analysis workflows for seamless, swift, and transparent computation. In this work, numerous workflows were developed for the general processing of bulk RNA sequencing (RNA-Seq), single-cell sequencing experiments, and non-coding RNA identification. Mathematical concepts of machine learning and univariate meta-analyses were successfully implemented to independently investigate the role of cell therapies in cardiac regeneration.Die wachsende Menge und Vielfalt biologischer und medizinischer Daten ist eine große Herausforderung in Computeranalysen. Berechnungsmethoden müssen für eine schnelle und transparente Berechnung zu Workflows kombiniert werden. In dieser Arbeit wurden Workflows für die allgemeine Verarbeitung von RNA-Sequenzierung (RNA-Seq) sowie Einzelzell RNA-Seq und die nichtkodierende RNA-Identifizierung entwickelt. Mathematische Konzepte des maschinellen Lernens und univariate Metaanalysen wurden erfolgreich implementiert, um die Rolle von Zelltherapien bei der Herzregeneration zu untersuchen.20202020Olaf Wolkenhauer (Universität Rostock) ; David Ellinghaus (Christian-Albrechts-Universität zu Kiel) ; Stefan Simm (Universitätsmedizin Greifswald)Enthält Zeitschriftenbeiträgevorgelegt von Markus Wolfienepub.dissertation1 Wolfien_Dissertation_2020.pdf 58973099 c9e9470b103454c99f584c2aab4655de rosdok/id000028681743350384Oau2020-12-212023-08-05T19:16:02ZrdaConverted from PICA to MODS using Pica2Mods XSLT Transformer 2.7 [SCM: "0c0e7a3c226a4a0cbcbec39b493c3c5257339ab8" "v2.7" "2023-08-04T00:00:00+0200"] with mode 'DEFAULT'.DissertationHochschulschriftCustomized workflow development and omics data integration concepts in systems medicineThe ever-increasing amount and diversity of biological and medical data is a major challenge in computational analyses. Computational methods have to be combined into analysis workflows for seamless, swift, and transparent computation. In this work, numerous workflows were developed for the general processing of bulk RNA sequencing (RNA-Seq), single-cell sequencing experiments, and non-coding RNA identification. Mathematical concepts of machine learning and univariate meta-analyses were successfully implemented to independently investigate the role of cell therapies in cardiac regeneration.Die wachsende Menge und Vielfalt biologischer und medizinischer Daten ist eine große Herausforderung in Computeranalysen. Berechnungsmethoden müssen für eine schnelle und transparente Berechnung zu Workflows kombiniert werden. In dieser Arbeit wurden Workflows für die allgemeine Verarbeitung von RNA-Sequenzierung (RNA-Seq) sowie Einzelzell RNA-Seq und die nichtkodierende RNA-Identifizierung entwickelt. Mathematische Konzepte des maschinellen Lernens und univariate Metaanalysen wurden erfolgreich implementiert, um die Rolle von Zelltherapien bei der Herzregeneration zu untersuchen.MarkusWolfien1989 -VerfasserInaut12238586770000-0002-1887-4772OlafWolkenhauer1966 -AkademischeR BetreuerIndgs1335159310000-0001-6105-2937DavidEllinghausAkademischeR BetreuerIndgs1120024528StefanSimmAkademischeR BetreuerIndgs38329-6Universität Rostock1419 -Grad-verleihende Institutiondgg10085032-7Universität RostockFakultät für Informatik und Elektrotechnik2004 -Grad-verleihende Institutiondgghttp://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00002868urn:nbn:de:gbv:28-rosdok_id00002868-510.18453/rosdok_id00002868004 Informatik570 Biowissenschaften, Biologie610 Medizin, GesundheitFakultät für Informatik und ElektrotechnikCC BY 4.0Nutzungsrechte erteiltLizenz Metadaten: CC0frei zugänglich (Open Access)en2020Universität RostockRostockmonographic202020202020Universitätsbibliothek RostockRostock2020Universitätsbibliothek Rostockhttp://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00002868Olaf Wolkenhauer (Universität Rostock) ; David Ellinghaus (Christian-Albrechts-Universität zu Kiel) ; Stefan Simm (Universitätsmedizin Greifswald)Enthält Zeitschriftenbeiträgevorgelegt von Markus WolfienProzessmanagementSequenzanalyseSequenzdaten 2020-12-21T09:35:11.113Z 2023-08-08T10:12:09.670Z 2023-08-18T10:12:09.675Z {"identifier":"rosdok/id00002868","type":"local_id","additional":"","service":"MCRLocalID","created":"2020-12-21T09:35:11.261Z"} editorD {"identifier":"http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00002868","type":"purl","additional":"","service":"RosDokPURL","created":"2020-12-21T09:56:34.383Z","registered":"2020-12-21T09:56:34.383Z"} {"identifier":"10.18453/rosdok_id00002868","type":"doi","additional":"","service":"RosDokDOI","created":"2020-12-21T09:56:37.021Z","registered":"2020-12-21T09:56:37.021Z"} {"identifier":"urn:nbn:de:gbv:28-rosdok_id00002868-5","type":"dnbUrn","additional":"","service":"RosDokURN","created":"2020-12-21T09:35:11.311Z","registered":"2020-12-22T03:15:44.880Z"} administratorfulltextfile/rosdok_disshab_0000002406/rosdok_derivate_0000096450/Wolfien_Dissertation_2020.pdfCustomized workflow development and omics data integration concepts in systems medicineCustomized workflow development and omics data integration concepts in systems medicinegnd:1223858677orcid:0000-0002-1887-4772gnd:133515931orcid:0000-0001-6105-2937gnd:1120024528gnd:38329-6gnd:10085032-7gnd:1223858677orcid:0000-0002-1887-4772gnd:133515931orcid:0000-0001-6105-2937gnd:1120024528gnd:38329-6gnd:10085032-7rosdok_disshab_0000002406-d664655e54gnd:1223858677orcid:0000-0002-1887-4772Markus WolfienMarkus Wolfienrosdok_disshab_0000002406-d664655e70gnd:133515931orcid:0000-0001-6105-2937Olaf WolkenhauerOlaf Wolkenhauerrosdok_disshab_0000002406-d664655e86gnd:1120024528David EllinghausDavid Ellinghausrosdok_disshab_0000002406-d664655e99Stefan SimmStefan Simmrosdok_disshab_0000002406-d664655e109gnd:38329-6Universität RostockUniversität Rostockrosdok_disshab_0000002406-d664655e120gnd:10085032-7Universität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikUniversität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikMarkus WolfienOlaf WolkenhauerDavid EllinghausStefan SimmUniversität RostockUniversität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikMarkus WolfienOlaf WolkenhauerDavid EllinghausStefan SimmUniversität RostockUniversität Rostock Fakultät für Informatik und ElektrotechnikMarkus WolfienRostockUniversität Rostockepub.dissertationhttp://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00002868urn:nbn:de:gbv:28-rosdok_id00002868-510.18453/rosdok_id00002868ProzessmanagementSequenzanalyseSequenzdatenThe ever-increasing amount and diversity of biological and medical data is a major challenge in computational analyses. Computational methods have to be combined into analysis workflows for seamless, swift, and transparent computation. In this work, numerous workflows were developed for the general processing of bulk RNA sequencing (RNA-Seq), single-cell sequencing experiments, and non-coding RNA identification. Mathematical concepts of machine learning and univariate meta-analyses were successfully implemented to independently investigate the role of cell therapies in cardiac regeneration.Die wachsende Menge und Vielfalt biologischer und medizinischer Daten ist eine große Herausforderung in Computeranalysen. Berechnungsmethoden müssen für eine schnelle und transparente Berechnung zu Workflows kombiniert werden. In dieser Arbeit wurden Workflows für die allgemeine Verarbeitung von RNA-Sequenzierung (RNA-Seq) sowie Einzelzell RNA-Seq und die nichtkodierende RNA-Identifizierung entwickelt. Mathematische Konzepte des maschinellen Lernens und univariate Metaanalysen wurden erfolgreich implementiert, um die Rolle von Zelltherapien bei der Herzregeneration zu untersuchen.20202020Olaf Wolkenhauer (Universität Rostock) ; David Ellinghaus (Christian-Albrechts-Universität zu Kiel) ; Stefan Simm (Universitätsmedizin Greifswald)Enthält Zeitschriftenbeiträgevorgelegt von Markus Wolfien[xslt]Saxonrosdok/id00002868https://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00002868174335038410.18453/rosdok_id00002868urn:nbn:de:gbv:28-rosdok_id00002868-5Markus WolfienWolfien MarkusCustomized workflow development and omics data integration concepts in systems medicineDissertationdoctoral thesisUniversität Rostock, 2020The ever-increasing amount and diversity of biological and medical data is a major challenge in computational analyses. Computational methods have to be combined into analysis workflows for seamless, swift, and transparent computation. In this work, numerous workflows were developed for the general…Markus WolfienCustomized workflow development and omics data integration concepts in systems medicineUniversitätsbibliothek Rostockhttp://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00002868MarkusWolfien1989 -VerfasserInaut12238586770000-0002-1887-4772OlafWolkenhauer1966 -AkademischeR BetreuerIndgs1335159310000-0001-6105-2937DavidEllinghausAkademischeR BetreuerIndgs1120024528StefanSimmAkademischeR BetreuerIndgs38329-6Universität Rostock1419 -Grad-verleihende Institutiondgg10085032-7Universität RostockFakultät für Informatik und Elektrotechnik2004 -Grad-verleihende Institutiondgg[purl]http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00002868[urn]urn:nbn:de:gbv:28-rosdok_id00002868-5[doi]10.18453/rosdok_id00002868open_access20202020epoch:21th_centuryrfc5646:endoctype:epub.dissertationaccesscondition:openaccessSDNB:004SDNB:570SDNB:610institution:unirostock.iefstate:published