mycoreobjectrosdok_disshab_0000003034rosdok_disshab_0000003034rosdokdisshabrosdok_derivate_00002095142023-08-29T10:00:02.821Z2023-08-28T08:59:04.192ZMCRJANITOReditorMSpublished1rosdok_derivate_0000209514truetruederivate_types:fulltextVolltextfulltextwf_edit_epub wf_register_epubstate:publishedstate:publishedveröffentlichtpublishedrosdok/id000044111858034914Oau2023-08-282023-08-28T09:03:34ZrdaConverted from PICA to MODS using Pica2Mods XSLT Transformer 2.6 [SCM: "64e51f5d78111d251437b6cc6ce7ce9e6587ae8d" "v2.6" "2023-08-03T11:35:27+0200"] with mode 'DEFAULT'.DissertationHochschulschriftContributions to the reuse and reproducibility of computational biology modelsDiese Arbeit befasst sich mit der Reproduzierbarkeit und Wiederverwendbarkeit von systembiologischen Modellen, wobei die FAIR-Prinzipien (findable, accessible, interoperable, reusable) im Vordergrund stehen. Sie konzentriert sich auf 5 zentrale Forschungsfragen: Schaffung einer Grundlage für die Modellverwaltung, Auffinden heterogener, halbstrukturierter Modelldaten, Nachverfolgung der Modellentwicklung im Laufe der Zeit, Speicherung von Modellen und ihren Metadaten, Definition der wichtigsten Modellkomponenten für die Ähnlichkeitsanalyse.This thesis addresses systems biology model reproducibility and reusability, emphasizing FAIR (findable, accessible, interoperable, reusable) principles. It focuses on 5 core research queries: establishing a baseline for model management, retrieving and ranking heterogeneous, semi-structured model data, tracing model evolution over time, storing models and their metadata, defining crucial model components for similarity analysis.RonHenkel1982 -VerfasserInaut13002887360000-0001-6211-2719KurtSandkuhl1963 -AkademischeR BetreuerIndgs1434454800000-0002-7431-8412Universität Rostock, Institut für InformatikJacky L.SnoepAkademischeR BetreuerIndgs17388931X0000-0002-0405-885438329-6Universität Rostock1419 -Grad-verleihende Institutiondgg10085032-7Universität RostockFakultät für Informatik und Elektrotechnik2004 -Grad-verleihende Institutiondgghttp://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00004411urn:nbn:de:gbv:28-rosdok_id00004411-310.18453/rosdok_id00004411004 Informatik570 Biowissenschaften, BiologieFakultät für Informatik und Elektrotechnikalle Rechte vorbehaltenNutzungsrechte erteiltLizenz Metadaten: CC0frei zugänglich (Open Access)en2022Universität RostockRostockmonographic202320222023Universitätsbibliothek RostockRostock2023Universitätsbibliothek Rostockhttp://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00004411Kurt Sandkuhl (Universität Rostock, Institut für Informatik) ; Jacky Snoep (Stellenbosch University, Department of Biochemistry)[{"name":"Sandkuhl, Kurt","affil":"Universität Rostock, Institut für Informatik"},{"name":"Snoep, Jacky","affil":"Stellenbosch University, Department of Biochemistry"}]vorgelegt von Ron HenkelSandkuhl, KurtUniversität Rostock, Institut für InformatikSnoep, JackyStellenbosch University, Department of Biochemistrydoctype:epubdoctype:epubDokumenttypDocument typedoctype:epub.dissertationdoctype:epub.dissertationDissertationdoctoral thesisdiniPublType:doctoralThesis diniPublType2022:PhDThesis XMetaDissPlusThesisLevel:thesis.doctoralinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisdocumentnatureOfContent:ppn_105825778natureOfContent:ppn_105825778HochschulschriftdiniPublType2022:DoctoralThesisdiniPublType2022:DoctoralThesisDissertation oder HabilitationDoctoral thesisDRIVERdiniPublType2022:PhDThesisdiniPublType2022:PhDThesisDissertationPhD thesisKDSF (Pu34)XMetaDissPlusThesisLevel:thesis.doctoralXMetaDissPlusThesisLevel:thesis.doctoralDoktorarbeitdoctoral thesisSDNB:004SDNB:004004 Informatik004 Data processing Computer sciencesSDNB:570SDNB:570570 Biowissenschaften, Biologie570 Life scienceinstitution:unirostockinstitution:unirostockUniversität RostockUniversity of RostockUniversität RostockUniversität RostockUni.Rostockhttp://d-nb.info/gnd/38329-6institution:unirostock.iefinstitution:unirostock.iefFakultät für Informatik und ElektrotechnikFaculty of Computer Science and Electrical EngineeringUniversität Rostock. Fakultät für Informatik und ElektrotechnikFakultät für Informatik<br />und ElektrotechnikUni.Rostock.Fakultaet.IEFhttp://d-nb.info/gnd/10085032-7licenseinfo:worklicenseinfo:workWerkworklicenseinfo:work.rightsreservedlicenseinfo:work.rightsreservedalle Rechte vorbehaltenall rights reserved/creativecommons/r/reserved/0.9/88x31.png[DE-28]Urheberrechtsschutz 1.0$gRights Statements$uhttp://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/http://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/http://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/licenseinfo:depositlicenseinfo:depositVeröffentlichungsgenehmigungpermission to storelicenseinfo:deposit.rightsgrantedlicenseinfo:deposit.rightsgrantedNutzungsrechte erteiltrights grantedlicenseinfo:metadatalicenseinfo:metadataLizenzen für Metadatenlicenseinfo:metadata.cc0licenseinfo:metadata.cc0Lizenz Metadaten: CC0license metadata: CC0/creativecommons/p/zero/1.0/88x31.pnghttps://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/accesscondition:openaccessaccesscondition:openaccessfrei zugänglich (Open Access)open accesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2OAfreeinfo:eu-repo/semantics/openAccess[DE-28]Open Access$gControlled Vocabulary for Access Rights$uhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2rfc5646:enrfc5646:enEnglischEnglishengengContributions to the reuse and reproducibility of computational biology modelsContributions to the reuse and reproducibility of computational biology modelsgnd:1300288736orcid:0000-0001-6211-2719gnd:143445480orcid:0000-0002-7431-8412gnd:17388931Xorcid:0000-0002-0405-8854gnd:38329-6gnd:10085032-7gnd:1300288736orcid:0000-0001-6211-2719gnd:143445480orcid:0000-0002-7431-8412gnd:17388931Xorcid:0000-0002-0405-8854gnd:38329-6gnd:10085032-7rosdok_disshab_0000003034-d2077871e54gnd:1300288736orcid:0000-0001-6211-2719Ron HenkelRon Henkelrosdok_disshab_0000003034-d2077871e70gnd:143445480orcid:0000-0002-7431-8412Kurt SandkuhlKurt Sandkuhlrosdok_disshab_0000003034-d2077871e87gnd:17388931Xorcid:0000-0002-0405-8854Jacky L. 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Sie konzentriert sich auf 5 zentrale Forschungsfragen: Schaffung einer Grundlage für die Modellverwaltung, Auffinden heterogener, halbstrukturierter Modelldaten, Nachverfolgung der Modellentwicklung im Laufe der Zeit, Speicherung von Modellen und ihren Metadaten, Definition der wichtigsten Modellkomponenten für die Ähnlichkeitsanalyse.This thesis addresses systems biology model reproducibility and reusability, emphasizing FAIR (findable, accessible, interoperable, reusable) principles. 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Sie konzentriert sich auf 5 zentrale Forschungsfragen: Schaffung einer Grundlage für die Modellverwaltung, Auffinden heterogener, halbstrukturierter Modelldaten, Nachverfolgung der Modellentwicklung im Laufe der Zeit, Speicherung von Modellen und ihren Metadaten, Definition der wichtigsten Modellkomponenten für die Ähnlichkeitsanalyse.This thesis addresses systems biology model reproducibility and reusability, emphasizing FAIR (findable, accessible, interoperable, reusable) principles. It focuses on 5 core research queries: establishing a baseline for model management, retrieving and ranking heterogeneous, semi-structured model data, tracing model evolution over time, storing models and their metadata, defining crucial model components for similarity analysis.RonHenkel1982 -VerfasserInaut13002887360000-0001-6211-2719KurtSandkuhl1963 -AkademischeR BetreuerIndgs1434454800000-0002-7431-8412Universität Rostock, Institut für InformatikJacky L.SnoepAkademischeR BetreuerIndgs17388931X0000-0002-0405-885438329-6Universität Rostock1419 -Grad-verleihende Institutiondgg10085032-7Universität RostockFakultät für Informatik und Elektrotechnik2004 -Grad-verleihende Institutiondgghttp://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00004411urn:nbn:de:gbv:28-rosdok_id00004411-310.18453/rosdok_id00004411004 Informatik570 Biowissenschaften, BiologieFakultät für Informatik und Elektrotechnikalle Rechte vorbehaltenNutzungsrechte erteiltLizenz Metadaten: CC0frei zugänglich (Open Access)en2022Universität RostockRostockmonographic202320222023Universitätsbibliothek RostockRostock2023Universitätsbibliothek Rostockhttp://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00004411Kurt Sandkuhl (Universität Rostock, Institut für Informatik) ; Jacky Snoep (Stellenbosch University, Department of Biochemistry)[{"name":"Sandkuhl, Kurt","affil":"Universität Rostock, Institut für Informatik"},{"name":"Snoep, Jacky","affil":"Stellenbosch University, Department of Biochemistry"}]vorgelegt von Ron Henkel Sandkuhl, Kurt Universität Rostock, Institut für Informatik Snoep, Jacky Stellenbosch University, Department of Biochemistry 2023-08-28T08:59:04.192Z 2023-08-29T10:00:02.821Z 2023-09-08T10:00:02.829Z editorMS {"identifier":"rosdok/id00004411","type":"local_id","additional":"","service":"MCRLocalID","created":"2023-08-28T08:59:04.624Z"} {"identifier":"http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00004411","type":"purl","additional":"","service":"RosDokPURL","created":"2023-08-28T08:59:04.744Z","registrationStarted":"2023-08-28T09:07:12.528Z"} {"identifier":"10.18453/rosdok_id00004411","type":"doi","additional":"","service":"RosDokDOI","created":"2023-08-28T08:59:04.751Z","registrationStarted":"2023-08-28T09:07:12.275Z","registered":"2023-08-28T09:07:13.712Z"} {"identifier":"urn:nbn:de:gbv:28-rosdok_id00004411-3","type":"dnbUrn","additional":"","service":"RosDokURN","created":"2023-08-28T08:59:04.735Z","registered":"2023-08-29T07:32:18.100Z"} MCRJANITORfulltextfile/rosdok_disshab_0000003034/rosdok_derivate_0000209514/Henkel_Dissertation_2023.pdfContributions to the reuse and reproducibility of computational biology modelsContributions to the reuse and reproducibility of computational biology modelsgnd:1300288736orcid:0000-0001-6211-2719gnd:143445480orcid:0000-0002-7431-8412gnd:17388931Xorcid:0000-0002-0405-8854gnd:38329-6gnd:10085032-7gnd:1300288736orcid:0000-0001-6211-2719gnd:143445480orcid:0000-0002-7431-8412gnd:17388931Xorcid:0000-0002-0405-8854gnd:38329-6gnd:10085032-7rosdok_disshab_0000003034-d2077871e54gnd:1300288736orcid:0000-0001-6211-2719Ron HenkelRon Henkelrosdok_disshab_0000003034-d2077871e70gnd:143445480orcid:0000-0002-7431-8412Kurt SandkuhlKurt Sandkuhlrosdok_disshab_0000003034-d2077871e87gnd:17388931Xorcid:0000-0002-0405-8854Jacky L. 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Sie konzentriert sich auf 5 zentrale Forschungsfragen: Schaffung einer Grundlage für die…Ron HenkelContributions to the reuse and reproducibility of computational biology modelsUniversitätsbibliothek Rostockhttp://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00004411RonHenkel1982 -VerfasserInaut13002887360000-0001-6211-2719KurtSandkuhl1963 -AkademischeR BetreuerIndgs1434454800000-0002-7431-8412Universität Rostock, Institut für InformatikJacky L.SnoepAkademischeR BetreuerIndgs17388931X0000-0002-0405-885438329-6Universität Rostock1419 -Grad-verleihende Institutiondgg10085032-7Universität RostockFakultät für Informatik und Elektrotechnik2004 -Grad-verleihende Institutiondgg[purl]http://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00004411[urn]urn:nbn:de:gbv:28-rosdok_id00004411-3[doi]10.18453/rosdok_id00004411open_access20222022epoch:21th_centuryrfc5646:endoctype:epub.dissertationaccesscondition:openaccessSDNB:004SDNB:570institution:unirostock.iefstate:published