mycoreobjectrosdok_disshab_0000003425rosdok_disshab_0000003425rosdokdisshabrosdok_derivate_00002260302026-02-18T16:27:32.216Z2026-02-18T15:33:59.416ZMCRJANITOReditorFGpublished1rosdok_derivate_0000226030truetruederivate_types:fulltextVolltextfulltextwf_edit_epub wf_register_epubstate:publishedstate:publishedveröffentlichtpublishedrosdok/id000051211961594714Oau2026-02-182026-02-18T15:46:54ZrdaConverted from PICA to MODS using Pica2MODS XSLT Transformer 2.10 [SCM: "f6c168af690edb7cb65ef34e4a2bf7f8714c5d38" "v2.10" "2024-03-28T14:43:08+0100"] with mode 'DEFAULT'.DissertationHochschulschriftEfficient abstraction and execution of stochastic simulation modelsStochasticity is found throughout cell-biological models when describing phenomena such as diffusion and the resulting random interactions of entities. This thesis is concerned with the efficient execution of these models. We cover the fundamentals of modeling from the bottom up. Reaction systems are a main topic, particularly those that use Stochastic Simulation Algorithms. We discuss efficient variations of these algorithms, including their parallel execution. Furthermore, the limitations of static reaction systems will be overcome by introducing dynamic compartmentalization.Zellbiologische Modelle verwenden häufig stochastische Prozesse, um zum Beispiel Phänomene wie Diffusion und das daraus folgende zufällige Interagieren von Partikeln darzustellen. In dieser Arbeit behandeln wir die effiziente Beschreibung und Ausführung dieser Modelle. Insbesondere beschäftigen uns Reaktionssysteme, die von den Gillespie-Algorithmen simuliert werden. Wir beschäftigen uns hier mit effizienten Varianten dieser Algorithmen, einschließlich ihrer parallelen Ausführung auf CPUs und Grafikkarten.TillKöster1993 -VerfasserInaut1390614387AdelindeUhrmacher1961 -AkademischeR BetreuerIndgs136258794Universität Rostock, Institut Visual and Analytic ComputingAlessandroPellegriniAkademischeR BetreuerIndgsUniversity of Rome “Tor Vergata”, Department of Civil Engineering and Computer Science Engineering (DICII)KevinBurrageAkademischeR BetreuerIndgsQueensland University of Technology, School of Mathematical Sciences38329-6Universität Rostock1419 - 19761990 -Grad-verleihende Institutiondgg10085032-7Universität Rostock. Fakultät für Informatik und Elektrotechnik2004 -Grad-verleihende Institutiondgghttps://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00005121urn:nbn:de:gbv:28-rosdok_id00005121-610.18453/rosdok_id00005121004 InformatikFakultät für Informatik und Elektrotechnikalle Rechte vorbehaltenNutzungsrechte erteiltLizenz Metadaten: CC0frei zugänglich (Open Access)en1 Online-Ressource (187 Seiten)2024June 30th 2024Universität RostockRostockmonographic20242026Universitätsbibliothek RostockRostock2026Universitätsbibliothek Rostockhttps://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00005121Enthält ZeitschriftenartikelAdelinde Uhrmacher (Universität Rostock, Institut Visual and Analytic Computing) ; Alessandro Pellegrini (University of Rome “Tor Vergata”, Department of Civil Engineering and Computer Science Engineering (DICII)) ; Kevin Burrage (Queensland University of Technology, School of Mathematical Sciences)[{"name":"Uhrmacher, Adelinde","affil":"Universität Rostock, Institut Visual and Analytic Computing"},{"name":"Pellegrini, Alessandro","affil":"University of Rome “Tor Vergata”, Department of Civil Engineering and Computer Science Engineering (DICII)"},{"name":"Burrage, Kevin","affil":"Queensland University of Technology, School of Mathematical Sciences"}]Dissertation, Universität Rostock, 2024, Kumulative Dissertationvorgelegt von Till KösterUhrmacher, AdelindeUniversität Rostock, Institut Visual and Analytic ComputingPellegrini, AlessandroUniversity of Rome “Tor Vergata”, Department of Civil Engineering and Computer Science Engineering (DICII)Burrage, KevinQueensland University of Technology, School of Mathematical Sciencesdoctype:epubdoctype:epubDokumenttypDocument typedoctype:epub.dissertationdoctype:epub.dissertationDissertationdoctoral thesisdiniPublType:doctoralThesis diniPublType2022:PhDThesis XMetaDissPlusThesisLevel:thesis.doctoralinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisdocumentnatureOfContent:ppn_105825778natureOfContent:ppn_105825778HochschulschriftdiniPublType2022:DoctoralThesisdiniPublType2022:DoctoralThesisDissertation oder HabilitationDoctoral thesisDRIVERdiniPublType2022:PhDThesisdiniPublType2022:PhDThesisDissertationPhD thesisKDSF (Pu34)XMetaDissPlusThesisLevel:thesis.doctoralXMetaDissPlusThesisLevel:thesis.doctoralDoktorarbeitdoctoral thesisSDNB:004SDNB:004004 Informatik004 Data processing Computer sciencesinstitution:unirostockinstitution:unirostockUniversität RostockUniversity of RostockUniversität RostockUniversität RostockUni.Rostockhttp://d-nb.info/gnd/38329-6institution:unirostock.iefinstitution:unirostock.iefFakultät für Informatik und ElektrotechnikFaculty of Computer Science and Electrical EngineeringUniversität Rostock. Fakultät für Informatik und ElektrotechnikFakultät für Informatik<br />und ElektrotechnikUni.Rostock.Fakultaet.IEFhttp://d-nb.info/gnd/10085032-7licenseinfo:worklicenseinfo:workWerkworklicenseinfo:work.rightsreservedlicenseinfo:work.rightsreservedalle Rechte vorbehaltenall rights reserved/creativecommons/r/reserved/0.9/88x31.png[DE-28]Urheberrechtsschutz 1.0$gRights Statements$uhttp://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/http://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/http://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/licenseinfo:depositlicenseinfo:depositVeröffentlichungsgenehmigungpermission to storelicenseinfo:deposit.rightsgrantedlicenseinfo:deposit.rightsgrantedNutzungsrechte erteiltrights grantedlicenseinfo:metadatalicenseinfo:metadataLizenzen für Metadatenlicenseinfo:metadata.cc0licenseinfo:metadata.cc0Lizenz Metadaten: CC0license metadata: CC0/creativecommons/p/zero/1.0/88x31.pnghttps://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/accesscondition:openaccessaccesscondition:openaccessfrei zugänglich (Open Access)open accesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2OAfreeinfo:eu-repo/semantics/openAccess[DE-28]Open Access$gControlled Vocabulary for Access Rights$uhttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2rfc5646:enrfc5646:enEnglischEnglishengengEfficient abstraction and execution of stochastic simulation modelsEfficient abstraction and execution of stochastic simulation modelsgnd:1390614387gnd:136258794gnd:38329-6gnd:10085032-7gnd:1390614387gnd:136258794gnd:38329-6gnd:10085032-7rosdok_disshab_0000003425-d2127042e54gnd:1390614387Till KösterTill Kösterrosdok_disshab_0000003425-d2127042e68gnd:136258794Adelinde UhrmacherAdelinde Uhrmacherrosdok_disshab_0000003425-d2127042e83Alessandro PellegriniAlessandro Pellegrinirosdok_disshab_0000003425-d2127042e95Kevin BurrageKevin Burragerosdok_disshab_0000003425-d2127042e106gnd:38329-6Universität RostockUniversität Rostockrosdok_disshab_0000003425-d2127042e119gnd:10085032-7Universität Rostock. Fakultät für Informatik und ElektrotechnikUniversität Rostock. Fakultät für Informatik und ElektrotechnikTill KösterAdelinde UhrmacherAlessandro PellegriniKevin BurrageUniversität RostockUniversität Rostock. Fakultät für Informatik und ElektrotechnikTill KösterAdelinde UhrmacherAlessandro PellegriniKevin BurrageUniversität RostockUniversität Rostock. Fakultät für Informatik und ElektrotechnikTill KösterRostockUniversität Rostockepub.dissertationhttps://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00005121urn:nbn:de:gbv:28-rosdok_id00005121-610.18453/rosdok_id00005121Stochasticity is found throughout cell-biological models when describing phenomena such as diffusion and the resulting random interactions of entities. This thesis is concerned with the efficient execution of these models. We cover the fundamentals of modeling from the bottom up. Reaction systems are a main topic, particularly those that use Stochastic Simulation Algorithms. We discuss efficient variations of these algorithms, including their parallel execution. Furthermore, the limitations of static reaction systems will be overcome by introducing dynamic compartmentalization.Zellbiologische Modelle verwenden häufig stochastische Prozesse, um zum Beispiel Phänomene wie Diffusion und das daraus folgende zufällige Interagieren von Partikeln darzustellen. In dieser Arbeit behandeln wir die effiziente Beschreibung und Ausführung dieser Modelle. Insbesondere beschäftigen uns Reaktionssysteme, die von den Gillespie-Algorithmen simuliert werden. Wir beschäftigen uns hier mit effizienten Varianten dieser Algorithmen, einschließlich ihrer parallelen Ausführung auf CPUs und Grafikkarten.20242024Enthält ZeitschriftenartikelAdelinde Uhrmacher (Universität Rostock, Institut Visual and Analytic Computing) ; Alessandro Pellegrini (University of Rome “Tor Vergata”, Department of Civil Engineering and Computer Science Engineering (DICII)) ; Kevin Burrage (Queensland University of Technology, School of Mathematical Sciences)[{"name":"Uhrmacher, Adelinde","affil":"Universität Rostock, Institut Visual and Analytic Computing"},{"name":"Pellegrini, Alessandro","affil":"University of Rome “Tor Vergata”, Department of Civil Engineering and Computer Science Engineering (DICII)"},{"name":"Burrage, Kevin","affil":"Queensland University of Technology, School of Mathematical Sciences"}]Dissertation, Universität Rostock, 2024, Kumulative Dissertationvorgelegt von Till Kösterepub.dissertation1 Koester_Dissertation_2026.pdf 7898741 17d2c3a5bc141671f2209679037872b7 rosdok/id000051211961594714Oau2026-02-182026-02-18T15:46:54ZrdaConverted from PICA to MODS using Pica2MODS XSLT Transformer 2.10 [SCM: "f6c168af690edb7cb65ef34e4a2bf7f8714c5d38" "v2.10" "2024-03-28T14:43:08+0100"] with mode 'DEFAULT'.DissertationHochschulschriftEfficient abstraction and execution of stochastic simulation modelsStochasticity is found throughout cell-biological models when describing phenomena such as diffusion and the resulting random interactions of entities. This thesis is concerned with the efficient execution of these models. We cover the fundamentals of modeling from the bottom up. Reaction systems are a main topic, particularly those that use Stochastic Simulation Algorithms. We discuss efficient variations of these algorithms, including their parallel execution. Furthermore, the limitations of static reaction systems will be overcome by introducing dynamic compartmentalization.Zellbiologische Modelle verwenden häufig stochastische Prozesse, um zum Beispiel Phänomene wie Diffusion und das daraus folgende zufällige Interagieren von Partikeln darzustellen. In dieser Arbeit behandeln wir die effiziente Beschreibung und Ausführung dieser Modelle. Insbesondere beschäftigen uns Reaktionssysteme, die von den Gillespie-Algorithmen simuliert werden. Wir beschäftigen uns hier mit effizienten Varianten dieser Algorithmen, einschließlich ihrer parallelen Ausführung auf CPUs und Grafikkarten.TillKöster1993 -VerfasserInaut1390614387AdelindeUhrmacher1961 -AkademischeR BetreuerIndgs136258794Universität Rostock, Institut Visual and Analytic ComputingAlessandroPellegriniAkademischeR BetreuerIndgsUniversity of Rome “Tor Vergata”, Department of Civil Engineering and Computer Science Engineering (DICII)KevinBurrageAkademischeR BetreuerIndgsQueensland University of Technology, School of Mathematical Sciences38329-6Universität Rostock1419 - 19761990 -Grad-verleihende Institutiondgg10085032-7Universität Rostock. 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Fakultät für Informatik und ElektrotechnikUniversität Rostock. Fakultät für Informatik und ElektrotechnikTill KösterAdelinde UhrmacherAlessandro PellegriniKevin BurrageUniversität RostockUniversität Rostock. Fakultät für Informatik und ElektrotechnikTill KösterAdelinde UhrmacherAlessandro PellegriniKevin BurrageUniversität RostockUniversität Rostock. Fakultät für Informatik und ElektrotechnikTill KösterRostockUniversität Rostockepub.dissertationhttps://purl.uni-rostock.de/rosdok/id00005121urn:nbn:de:gbv:28-rosdok_id00005121-610.18453/rosdok_id00005121Stochasticity is found throughout cell-biological models when describing phenomena such as diffusion and the resulting random interactions of entities. This thesis is concerned with the efficient execution of these models. We cover the fundamentals of modeling from the bottom up. Reaction systems are a main topic, particularly those that use Stochastic Simulation Algorithms. 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