| title: |
| Functional characterization and annotation of trait-associated genomic regions by
transcriptome analysis |
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| contributing persons: |
| Yang Du[VerfasserIn] |
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1062825780 |
| Thomas Kirste
, Prof. Dr.-ing.[AkademischeR BetreuerIn] |
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137244754 |
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Universität Rostock, Fakultät für Informatik und Elektrotechnik |
| Wimmers Klaus
, Prof. Dr. rer. nat.[AkademischeR BetreuerIn] |
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Leibniz-Institut für Nutztierbiologie, Genombiologie |
| Füllen Georg
, Prof. Dr. rer. nat.[AkademischeR BetreuerIn] |
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Universitätsmedizin Rostock, Institut für Biostatistik und Informatik in Medizin und
Alternsforschung |
| Mario Stanke
, Prof. Dr.[AkademischeR BetreuerIn] |
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128916303 |
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Universität Greifswald, Institut für Mathematik und Informatik |
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| contributing corporate bodies: |
| Universität Rostock, Fakultät für Informatik und Elektrotechnik[Grad-verleihende Institution] |
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10085032-7 |
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| abstract: |
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In this work, two novel implementations have been presented, which could assist in
the design and data analysis of high-throughput genomic experiments. An efficient
and flexible tiling probe selection pipeline utilizing the penalized uniqueness score
has been implemented, which could be employed in the design of various types and scales
of genome tiling task. A novel hidden semi-Markov model (HSMM) implementation is made
available within the Bioconductor project, which provides a unified interface for
segmenting genomic data in a wide range of research subjects.
[English] |
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In dieser Arbeit werden zwei neuartige Implementierungen präsentiert, die im Design
und in der Datenanalyse von genomischen Hochdurchsatz-Experiment hilfreich sein könnten.
Die erste Implementierung bildet eine effiziente und flexible Auswahl-Pipeline für
Tiling-Proben, basierend auf einem Eindeutigkeitsmaß mit einer Maluswertung. Als zweite
Implementierung wurde ein neuartiges Hidden-Semi-Markov-Modell (HSMM) im Bioconductor
Projekt verfügbar gemacht.
[German] |
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| document type: |
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| institution: |
| Faculty of Computer Science and Electrical Engineering |
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| language: |
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| subject class (DDC): |
| 000 Generalities, Science |
| 570 Life science |
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publication /
production: |
Rostock
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Rostock: Universität Rostock
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2014
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| identifiers: |
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| access condition: |
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| license/rights statement: |
all rights reserved
This work may only be used under the terms of the German Copyright Law (Urheberrechtsgesetz). |
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| RosDok id: |
rosdok_disshab_0000001265 |
| created / modified: |
28.11.2014 / 08.08.2023
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| metadata license: |
The metadata of this document was dedicated to the public domain
(CC0 1.0 Universal Public Domain Dedication). |
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