Analyzing gene expression data with linear mixed models : applications to variable pool sizes and biomarkers

Henrik Rudolf

doi:10.18453/rosdok_id00001749

Henrik Rudolf

Analyzing gene expression data with linear mixed models : applications to variable pool sizes and biomarkers

Universität Rostock, 2016

https://doi.org/10.18453/rosdok_id00001749

Abstract: Diese Arbeit behandelt Fragen der statistischen Planung und Auswertung von Genexpressionsexperimenten mit Mischproben (Pools) und variabler Zahl von individuellen Proben je Pool (Poolgröße). Eine Bedingung für die Verzerrungsfreiheit von Kontrasten im linearen Modell wurde abgeleitet. Die Relevanz der zur Auswertung mit gemischten linearen Modellen eingeführten Mischungsvarianz zeigte sich auch in experimentellen Daten. Eine Biomarkersuche für das individuelle Hygieneverhalten von Arbeiterinnen der Honigbiene leistet einen methodischen Beitrag zur Zucht von Varroa-resistenten Bienenvölkern.

Dissertation Freier Zugang

Titel:

Analyzing gene expression data with linear mixed models: applications to variable pool sizes and biomarkers

Beteiligte Personen:

Henrik Rudolf[VerfasserIn]
	1054537844
Manfred Schwerin , Prof. Dr. rer. nat.[AkademischeR BetreuerIn]
	136930824
	Universität Rostock, Agrar- und Umweltwissenschaftliche Fakultät
Norbert Reinsch , Prof. Dr. agr.[AkademischeR BetreuerIn]
	142625108
	Leibniz-Institut für Nutztierbiologie, Institut für Genetik und Biometrie
Kaspar Bienefeld , Prof. Dr. agr.[AkademischeR BetreuerIn]
	112811655
	Humbold-Universität zu Berlin, Lebenswissenschaftliche Fakultät

Beteiligte Körperschaften:

Universität Rostock, Agrar- und Umweltwissenschaftliche Fakultät[Grad-verleihende Institution]
	10025954-6

Zusammenfassung:

This work is about the design and statistical analysis of gene expression experiments with variable pool sizes. Conditions for unbiased contrasts in such experiments were derived. They were analyzed with linear mixed models, introducing a new type of variance component that accounts for unequal shares of individual samples in common pools. The relevance of this blending error variance was then investigated for four experimental data sets from different species. Finally a biomarker search for hygienic behavior in Apis mellifera workers was conducted, using nerve tissue gene expression data. [Englisch]

Diese Arbeit behandelt Fragen der statistischen Planung und Auswertung von Genexpressionsexperimenten mit Mischproben (Pools) und variabler Zahl von individuellen Proben je Pool (Poolgröße). Eine Bedingung für die Verzerrungsfreiheit von Kontrasten im linearen Modell wurde abgeleitet. Die Relevanz der zur Auswertung mit gemischten linearen Modellen eingeführten Mischungsvarianz zeigte sich auch in experimentellen Daten. Eine Biomarkersuche für das individuelle Hygieneverhalten von Arbeiterinnen der Honigbiene leistet einen methodischen Beitrag zur Zucht von Varroa-resistenten Bienenvölkern. [Deutsch]

Dokumenttyp:

Dissertation

Einrichtung:

Agrar- und Umweltwissenschaftliche Fakultät

Sprache:

Englisch

Sachgruppe der DNB:

630 Landwirtschaft, Veterinärmedizin

510 Mathematik

Veröffentlichung /
Entstehung:

Rostock

Rostock: Universität Rostock