Contributions to the reuse and reproducibility of computational biology models

Ron Henkel

doi:10.18453/rosdok_id00004411

Ron Henkel

Contributions to the reuse and reproducibility of computational biology models

Universität Rostock, 2022

https://doi.org/10.18453/rosdok_id00004411

Abstract: Diese Arbeit befasst sich mit der Reproduzierbarkeit und Wiederverwendbarkeit von systembiologischen Modellen, wobei die FAIR-Prinzipien (findable, accessible, interoperable, reusable) im Vordergrund stehen. Sie konzentriert sich auf 5 zentrale Forschungsfragen: Schaffung einer Grundlage für die Modellverwaltung, Auffinden heterogener, halbstrukturierter Modelldaten, Nachverfolgung der Modellentwicklung im Laufe der Zeit, Speicherung von Modellen und ihren Metadaten, Definition der wichtigsten Modellkomponenten für die Ähnlichkeitsanalyse.

Dissertation Freier Zugang

Titel:

Contributions to the reuse and reproducibility of computational biology models

Beteiligte Personen:

Ron Henkel[VerfasserIn]
	0000-0001-6211-2719
	1300288736
Kurt Sandkuhl[AkademischeR BetreuerIn]
	0000-0002-7431-8412
	143445480
	Universität Rostock, Institut für Informatik
Jacky L. Snoep[AkademischeR BetreuerIn]
	0000-0002-0405-8854
	17388931X

Beteiligte Körperschaften:

Universität Rostock[Grad-verleihende Institution]
	38329-6
Universität Rostock, Fakultät für Informatik und Elektrotechnik[Grad-verleihende Institution]
	10085032-7

Zusammenfassung:

Diese Arbeit befasst sich mit der Reproduzierbarkeit und Wiederverwendbarkeit von systembiologischen Modellen, wobei die FAIR-Prinzipien (findable, accessible, interoperable, reusable) im Vordergrund stehen. Sie konzentriert sich auf 5 zentrale Forschungsfragen: Schaffung einer Grundlage für die Modellverwaltung, Auffinden heterogener, halbstrukturierter Modelldaten, Nachverfolgung der Modellentwicklung im Laufe der Zeit, Speicherung von Modellen und ihren Metadaten, Definition der wichtigsten Modellkomponenten für die Ähnlichkeitsanalyse. [Deutsch]

This thesis addresses systems biology model reproducibility and reusability, emphasizing FAIR (findable, accessible, interoperable, reusable) principles. It focuses on 5 core research queries: establishing a baseline for model management, retrieving and ranking heterogeneous, semi-structured model data, tracing model evolution over time, storing models and their metadata, defining crucial model components for similarity analysis. [Englisch]

Dokumenttyp:

Dissertation

Einrichtung:

Fakultät für Informatik und Elektrotechnik

Sprache:

Englisch

Sachgruppe der DNB:

004 Informatik

570 Biowissenschaften, Biologie

Veröffentlichung /
Entstehung:

Rostock: Universität Rostock

2022