Annotation-based storage and retrieval of models and simulation descriptions in computational biology

Dagmar Waltemath

doi:10.18453/rosdok_id00000903

Dagmar Waltemath

Annotation-based storage and retrieval of models and simulation descriptions in computational biology

Universität Rostock, 2011

https://doi.org/10.18453/rosdok_id00000903

Abstract: Die vorliegende Arbeit widmete sich der besseren Wiederverwendung biologischer Simulationsmodelle. Ziele waren die Identifikation und Formalisierung relevanter Modell-Meta-Informationen, sowie die Entwicklung geeigneter Modellspeicherungs- und Modellretrieval-Konzepte. Wichtigste Ergebnisse der Arbeit sind ein detailliertes Modellannotationskonzept, ein Formatvorschlag für standardisierte Kodierung von Simulationsexperimenten in XML, eine Speicherlösung für Modellrepräsentationen sowie ein Retrieval-Konzept.

Dissertation Freier Zugang

Titel:

Annotation-based storage and retrieval of models and simulation descriptions in computational biology

Beteiligte Personen:

Dagmar Waltemath[VerfasserIn]
	1016855753
Andreas Heuer , Prof. Dr. rer. nat. habil.[AkademischeR BetreuerIn]
Nicolas Le Novère , Dr.[AkademischeR BetreuerIn]
Ulf Leser , Prof. Dr.[AkademischeR BetreuerIn]

Beteiligte Körperschaften:

Universität Rostock, Fakultät für Informatik und Elektrotechnik[Grad-verleihende Institution]
	10085032-7

Zusammenfassung:

This work aimed at enhancing reuse of computational biology models by identifying and formalizing relevant meta-information. One type of meta-information investigated in this thesis is experiment-related meta-information attached to a model, which is necessary to accurately recreate simulations. The main results are: a detailed concept for model annotation, a proposed format for the encoding of simulation experiment setups, a storage solution for standardized model representations and the development of a retrieval concept. [Englisch]

Die vorliegende Arbeit widmete sich der besseren Wiederverwendung biologischer Simulationsmodelle. Ziele waren die Identifikation und Formalisierung relevanter Modell-Meta-Informationen, sowie die Entwicklung geeigneter Modellspeicherungs- und Modellretrieval-Konzepte. Wichtigste Ergebnisse der Arbeit sind ein detailliertes Modellannotationskonzept, ein Formatvorschlag für standardisierte Kodierung von Simulationsexperimenten in XML, eine Speicherlösung für Modellrepräsentationen sowie ein Retrieval-Konzept. [Deutsch]

Dokumenttyp:

Dissertation

Einrichtung:

Fakultät für Informatik und Elektrotechnik

Sprache:

Englisch

Sachgruppe der DNB:

000 Allgemeines, Wissenschaft

Veröffentlichung /
Entstehung:

Rostock

Rostock: Universität Rostock

2011