| title: |
| ML-Space: hybrid spatial Gillespie and Brownian motion simulation at multiple levels,
and a rule-based description language |
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| contributing persons: |
| Arne T. Bittig[VerfasserIn] |
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1129879410 |
| Adelinde Uhrmacher
, Prof. Dr. rer. nat. habil.[AkademischeR BetreuerIn] |
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136258794 |
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Universität Rostock, Institut für Informatik |
| James Faeder
, Associate Professor, PhD[AkademischeR BetreuerIn] |
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University of Pittsburgh, School of Medicine |
| Heinz Koeppl
, Prof. Dr. techn.[AkademischeR BetreuerIn] |
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Technische Universität Darmstadt, Institut für Nachrichtentechnik |
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| contributing corporate bodies: |
| Universität Rostock, Fakultät für Informatik und Elektrotechnik[Grad-verleihende Institution] |
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10085032-7 |
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| abstract: |
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Computer simulations of biological cells as well-stirred systems are well established
but neglect the spatial distribution of key actors. In this thesis, a simulation algorithm
"ML-Space" for spatial models with dynamic hierarchies is presented. It combines stochastic
spatial algorithms in discretized space with individual particles moving in continuous
space that have spatial extensions and can contain other particles. For formal descriptions
of the systems to be simulated spatially, ML-Space provides a rule-based specification
language.
[English] |
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Computersimulationen mikrobiologischer Prozesse, bei denen eine homogene Verteilung
der Akteure einer Zelle angenommen wird, sind gut etabliert. In dieser Arbeit wird
ein räumlicher Simulationsalgorithmus "ML-Space" für Mehrebenenmodelle vorgestellt,
der auch dynamische Hierarchien abdeckt. Er vereint stochastische räumliche Algorithmen
in diskretisiertem Raum mit individuellen Partikeln mit kontinuierlichen Koordinaten,
die andere Partikel enthalten können. Zur formalen Beschreibung der räumlich zu simulierenden
Systeme bietet ML-Space eine regelbasierte Modellierungssprache.
[German] |
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| document type: |
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| institution: |
| Faculty of Computer Science and Electrical Engineering |
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| language: |
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| subject class (DDC): |
| 000 Generalities, Science |
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publication /
production: |
Rostock
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Rostock: Universität Rostock
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2017
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| identifiers: |
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| access condition: |
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| license/rights statement: |
all rights reserved
This work may only be used under the terms of the German Copyright Law (Urheberrechtsgesetz). |
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| RosDok id: |
rosdok_disshab_0000001705 |
| created / modified: |
11.04.2017 / 08.08.2023
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| metadata license: |
The metadata of this document was dedicated to the public domain
(CC0 1.0 Universal Public Domain Dedication). |
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