Development of genomic resources and tools for precision farming of pikeperch through high-throughput sequencing and computational genomics

Julien Alban Nguinkal

doi:10.18453/rosdok_id00004127

Julien Alban Nguinkal

Development of genomic resources and tools for precision farming of pikeperch through high-throughput sequencing and computational genomics

Universität Rostock, 2021

https://doi.org/10.18453/rosdok_id00004127

Abstract: Diese Dissertation stellt die ersten genomischen Werkzeuge und Ressourcen zur Verfügung, um die innovative Zanderzucht, optimale Domestizierung und Anpassung an moderne intensive Aquakultursysteme zu verbessern, einschließlich einer hochwertigen Genom-Assemblierung auf Chromosomenebene, eines Referenztranskriptoms und eines Genexpressionsatlasses. Das Genom des Zanders wurde auch als Referenz für vergleichende Genomanalysen und populationsgenetische Analysen bei domestizierten Individuen verwendet, um die Landschaft der genetischen Variationen zu ermitteln.

Dissertation Freier Zugang

Titel:

Development of genomic resources and tools for precision farming of pikeperch through high-throughput sequencing and computational genomics

Beteiligte Personen:

Julien Alban Nguinkal[VerfasserIn]
	0000-0002-1303-4520
	127780740X
Tom Goldammer[AkademischeR BetreuerIn]
	0000-0003-1215-5504
	114862486
	Dept. of Molecular Biology and Genetics of Fish Faculty of Agricultural and Environmental Sciences, University of Rostock, Germany
Olaf Wolkenauer[AkademischeR BetreuerIn]
	Dept. of Systems Biology and Bioinformatics Faculty of Computer Science and Electrical Engineering, University of Rostock, Germany
Stephan Simm[AkademischeR BetreuerIn]
	Institute of Bioinformatics University Medicine Greifswald, University of Greifswald, Germany

Beteiligte Körperschaften:

Universität Rostock[Grad-verleihende Institution]
	38329-6
Universität Rostock, Agrar- und Umweltwissenschaftliche Fakultät[Grad-verleihende Institution]
	10025954-6

Zusammenfassung:

This thesis provides the first genomic tools and resources to enhance pikeperch's innovative farming, optimal domestication, and adaption into modern intensive aquaculture systems, including a high-quality chromosome-level assembly, reference transcriptome, and gene expression atlas. The pikeperch genome was also used as a reference for comparative genomics analyses and population genetics analyses in domesticated individuals to establish the landscape of genetic variations. These findings lay the foundation for addressing critical issues in genomics-informed pikeperch farming. [Englisch]

Diese Dissertation stellt die ersten genomischen Werkzeuge und Ressourcen zur Verfügung, um die innovative Zanderzucht, optimale Domestizierung und Anpassung an moderne intensive Aquakultursysteme zu verbessern, einschließlich einer hochwertigen Genom-Assemblierung auf Chromosomenebene, eines Referenztranskriptoms und eines Genexpressionsatlasses. Das Genom des Zanders wurde auch als Referenz für vergleichende Genomanalysen und populationsgenetische Analysen bei domestizierten Individuen verwendet, um die Landschaft der genetischen Variationen zu ermitteln. [Deutsch]

Dokumenttyp:

Dissertation

Einrichtung:

Fakultät für Agrar, Bau und Umwelt

Sprache:

Englisch

Sachgruppe der DNB:

004 Informatik

570 Biowissenschaften, Biologie

Veröffentlichung /
Entstehung:

Rostock: Universität Rostock

2021